少女前线的剧情目前可分为三个阶段，每个阶段的主要敌人分别是铁血、军方、帕拉蒂斯。
铁血工造（铁血工业制造公司）
KCCO（特种作战司令部）
帕拉蒂斯
第一阶段：第零战役—第十战役
“蝴蝶事件”后铁血叛乱
少女前线的故事是从AR小队在3号安全屋的行动开始的。AR小队在帕斯卡的指示下进入3号安全屋收集资料，被代理人伏击（伊莱莎也对3号安全屋的资料感兴趣但因为旧时代的资料库无法破解所以让代理人等待AR小队取出资料后抢夺）AR分散躲避铁血的追捕。
第零战役
与此同时，指挥官入职（我一贯的观点是玩家是指挥官，指挥官不是玩家）从此指挥官开始了他/她的奇妙冒险（大雾）
指挥官被委以重任，先后回收了M4、SOPII、AR15、M16，AR小队重聚（ ？）
回收AR小队
指挥官参加格里芬秘密会议，然而消息泄露，铁血对秘密基地发起攻击（指挥官首次挨炸）
老板克鲁格
格里芬击退铁血，AR15被发现感染伞病毒，格里芬首次遭遇木星炮，AR15脱离格里芬的控制逃亡，为了对抗铁血，格里芬开始寻找AR15。
AR15逃亡
格里芬委托404小队前往S06区回收铁血干扰器进行分析，希望从中了解铁血的“伞计划”。404小队没有回收干扰器，但是回收了衔尾蛇核心（45小队过程中接触干扰器，感染了伞病毒）
魔方行动
格里芬进入S08区搜索AR15，铁血主脑伊莱莎亲自指挥部队，面对铁血压倒性的数量优势，加上通讯干扰（干扰源是AR15）S08区的格里芬梯队面临灭顶之灾，为了保护M4，AR15与主脑见面并引爆炸药同归于尽（然而并没有）
一场喧嚣的丧礼，一个沉默的告别
（支线）RO635指挥调色板小队回收36号文件
RO635的意志
格里芬撤离S08区后，格里芬将所有参与行动的人形关进S05区的“玛莉欧公主”看守所中隔离，指挥官申请调往S05区，伊莱莎找到M4并指挥部队攻击看守所，RO赶到协助指挥官击退铁血，M4被伊莱莎强制入侵导致心智崩溃，RO接替M4成为AR小队代理队长。
M4心智崩溃，烙印解体
（支线）帕斯卡试图用模拟战的方式修复M4的心智，但一直没有成功。
AR小队探望M4后乘运输机返回途中经过S03区时被木星炮击落，AR小队在撤退的同时聚拢幸存的格里芬人形，格里芬委托404小队营救AR小队，行动过程险象环生，最后众人在指挥官的支援下成功撤离。
此次行动俘虏了建筑师并缴获了一台木星炮，为以后的作战打下了基础。
AR小队与404小队首次合作
克鲁格与卡特会面，AR小队进入S02区0号基地收集资料（帕斯卡暗中指示M16找机会脱离队伍调查）AR小队在资料下载完毕后遭到铁血攻击，M16让RO、SOPII先行撤退，自己故意毁掉退路，随后进入（蝴蝶行动）铁血工厂。
火花
M16利用铁血权限（感染伞病毒获得）调查工厂，随后将搜集的情报和自己的武器箱用无人机运走（然而无人机被梦想家击落）M4成功苏醒，而M16协议改写成为了铁血人形
M16成为铁血
M4苏醒
军方举办宴会并召开新闻发布会，指挥官跟随克鲁格一同参加，哈维尔来到宴会提醒克鲁格（克鲁格：到了这个地步已经停不下来了）
宴会结束后格里芬与军方进行“联合军演”，目标：剿灭铁血（ ？）
