背景：26世纪人类已经有了空间跃迁能力，发现了许多地外宜居行星，在人类军队最高统帅部门UNSC的领导下，将宜居行星开发为殖民地。扩张的过程中遭遇到了银河系另一高度发达文明星盟，星盟由多个星球种族结盟而成，他们在先知族带领下到处寻找宇宙古老文明“先行者”留下的遗迹，称之为“朝圣之旅”。
Halo致远星：
星盟在朝圣之旅中不断发现人类殖民星球，于是逐一歼灭，直到找到人类最大殖民星球致远星。UNSC面对星盟节节败退，星盟要将整个致远星表面烧尽以寻找先行者遗迹。
致远星沦陷时，早已在此研究先行者遗迹的哈尔茜博士将集合了部分先行者科技并以自己为蓝本的人工智能Cortana交给Keys舰长，Keys舰长指挥翠鸟级战舰秋风之墩号，带着Cortana和士官长逃离致远星，逃离星盟舰队追捕的过程中无意间跃迁到04环带（貌似小说中是Cortana有预谋的）。
Halo 1：
星盟舰队追捕秋风之墩号来到04环带。秋风之墩号受攻击将坠落到环带上，Keys舰长将Cortana交给士官长保护，并下令弃舰登陆。
星盟和人类都是首次发现环带，于是对环带的核心控制室展开争夺，士官长将Coarana植入自己的盔甲后两人从此协同作战，一路手撕星盟。
在探索中，星盟无意中释放出了密封在环带上的古老生物样本——虫族（洪魔），虫族迅速感染星盟和人类，变成三方混战，Keys舰长也被虫族感染而死。
士官长找到了管理环带的先行者AI 343罪恶火花，了解到虫族可以感染一切智能生物，并能汲取其智慧为己所用，而环带可以消灭虫族。343试图引导士官长启动环带，Cortana发现环带是毁灭银河系一切智能生物（虫族的食物）的武器后及时阻止。
士官长利用秋风之墩号的核反应堆炸毁环带后驾驶醍醐号运输机逃离。结尾处343也逃离了环带。（游戏中未交待的是三步曲中最幽默的不死小强、士官长的好基友Johnson中士也逃离了环带）
Halo 2：
士官长回到地球与Johnson中士一同接受表彰。同时星盟最高领袖之一“悲怆先知”独自带领舰队追寻先行者遗迹时无意中闯入地球，于是星盟与人类的战斗在地球上展开。
另一边星盟的首都博爱之城中，由于追击秋风之墩号而致使04环带被毁的精英族舰长（Arbiter）被星盟议会判定有罪，星盟最高领袖“真相先知”派他去完成清除叛徒的自杀性任务，他由此得名“神风烈士”。
悲怆先知在地球陷入苦战，他意识到错误后急忙跃迁逃离，老Keys舰长的女儿米兰达舰长驾战舰带着士官长追击，他们又进入到另一个环带，05环带。
另一边神风烈士在执行任务时发现先知族鼓吹的朝圣之旅并不真实，而且精英族被先知族新宠鬼面兽压制，心生反念，同时他也来到了05环带执行任务，遭到鬼面兽首领塔塔罗斯背叛击落深渊。
士官长手撕悲怆先知后掉入海中，他与神风烈士都被潜藏的虫族首脑尸脑兽所救，尸脑兽让05环带的守护者2401忏悔切线对两人说出环带的真相。知道真相后神风烈士决定联合人类反抗先知。
士官长被传送到星盟首都博爱之城刺杀真相先知，但虫族早到一步，真相先知逃离，博爱之城全部被感染，于是Cortana决定留在博爱之城将其引爆，士官长独自逃离。
神风烈士与人类合作阻止想要启动环带的鬼面兽塔塔罗斯，虽然最终没有启动，但启动信息已传递给了银河系中剩下5座环带以及“方舟”。
Halo 3：
丢掉博爱之城的真相先知对地球发起总攻，人类与精英族结盟，在地球抵抗星盟。星盟找到了先行者留在地球上的信标，启动信标后通向“方舟”的跃迁空间打开了，方舟是先行者设施，是环带的生产和控制中心。
同时一艘由博爱之城飞出的被感染星盟战舰抵达地球，带来了虫族和Cortana关于方舟的重要口讯，人类得知了方舟的作用后，米兰达舰长驾驶“航向黎明号”带着士官长和神风烈士进入方舟，展开与星盟的最后搏斗。
在方舟的控制中心，真相先知杀死米兰达并要通过方舟启动所有环带时，士官长、神风烈士与尸脑兽暂时结盟，一起干掉了真相先知。随后尸脑兽翻脸，控制博爱之城到达方舟想将其控制。
士官长闯入博爱之城救出Cortana，Cortana决定在方舟上重建04环带并启动，将虫族消灭在方舟内。关键时刻打不死的小强343又反水（前面与人类短暂结盟），偷袭杀死了Johnson中士，愤怒的士官长将其干掉后启动环带，尸脑兽和一干虫族被消灭。士官长和神风烈士跃迁逃离途中航向黎明号被环带能量截成两段，神风烈士坐前半截回到地球，士官长和Cortana乘后半截漂流在宇宙中。众人都认为士官长已死，将其与英烈们一起缅怀。
结尾彩蛋士官长进入冷东仓，航向黎明号残骸飞向一颗巨大的金属行星。
Halo 4：
经过方舟一役后星盟分裂，神风烈士统帅了大部分星盟，与人类达成和平协议，休养生息。
四年后，新建成的人类最大战舰“无限号”在探索先行者遗迹的过程中找到了一颗巨大的金属行星（安魂星），接近时被行星发出的巨大引力困住。
与此同时，搭载着士官长和Cortana的半截航向黎明号也漂流到了安魂星附近，Cortana接收到无尽号发出的求救信号后唤醒了休眠中的士官长。这时他们遭遇到一支追寻先行者足迹的的星盟叛军舰队。双方短暂交火后安魂星表面突然打开将他们吸入安魂内部。
在安魂星内Cortana不时出现狂乱状态，原来AI的七年大限已至，为了不让Cortana疯掉，士官长决定找到无限号回地球让哈尔茜博士修复她。追寻着无限号的求救信号，他们来到了行星的核心，没找到无限号，却被利用而打开了冥塚，释放出了囚禁在这里的先行者领袖之一“宣教士（Didact）”。尾随而来的星盟叛军迅速向Didact臣服。
回到地表后士官长与同样被吸进来的无限号汇合。为了让无限号脱困，士官长和无限号副舰长Thomas Lasky（士官长头号fans）去执行炸掉重力井的任务，过程中获取了先行者“智库长”遗留的讯息，知道了先行者、古人类、虫族战争的历史，并且升级了抗魔（重组机）的技能点：)”。
士官长为了阻止Didact启动重组机灭绝人类，与急于逃跑的无尽号舰长（不是Lasky）翻脸。在多次阻止失败后，士官长潜伏在已经装备重组机的“衣钵临世号”（Didact战舰）上回到地球，趁Didact启动重组机时接近，并在Cortana自我牺牲的帮助下引爆核弹炸毁重组机。
Cortana与士官长深情告别后消失在宇宙中，而士官长则落寞地回到地球。地球上的新凤凰城被重组机轻轻一射，所有人类都只剩灰烬。
Halo 5：
Cortana消失后，士官长精神遭受重大打击。但他不愿休息，与同是二期斯巴达的老战友Kelly、Linda、Fred组成蓝队，执行UNSC任务。
