古墓丽影9的剧情是年轻时的劳拉在一次海难事故中险些丧生，当她醒来时发现自己被捆绑在一个阴山的山洞里，挣脱之后竟然马上发现好友被杀掉的尸体，此时劳拉不仅要躲避当初捆绑她的人，更要逃离这座危险的山洞。
逃离山洞后劳拉为了寻找其他成员，劳拉只好继续往岛上更深处冒险。期间更是遇到了狼群的攻击，从狼群攻击下存活后，劳拉遇到了其他的成员，但因误触陷阱受伤的她，只好和Whitman博士留守，等其他人去搭救Sam。
状况好些之后，劳拉和博士发现了一座遗迹，进入后却又遇袭，劳拉被敌人给掳走，甚至差点被非礼。一阵混乱和残杀后，劳拉为了活命只好开枪杀了一名男子，心里虽然充满了各种罪恶和恐惧的复杂感受，但现在的她，只能够咬紧牙关继续走下去了。
突破遗迹中的种种困难出来后，劳拉遇到了被遗留在荒岛上的幸存者之一Roth，在古墓丽影9中作为一个经验老到的野外生存者 Roth不仅将给劳拉提供支援，同时也会在一定程度上扮演劳拉在野外生存方面的导师。
当时Roth的状况也十分不佳，因为不慎被狼咬伤，劳拉要深入敌人腹地帮Roth找到医疗包，医治好Roth后，Roth告诉劳拉被困在这座荒岛，需要登上本地最高的通讯塔才能呼叫救援，在历经险阻终于登上最高的通讯塔呼叫后，却发现救援的飞机不幸被闪电击落，根
据剧情显示当时情况不容乐观。在与Roth会合后，劳拉坚决要去营救还生还的飞机驾驶员，当发现驾驶员后，不幸中了敌人的拳套，被炸弹炸伤直直昏迷，被绑到不认识的房间，醒来后却发现飞机驾驶员已经身亡，劳拉只能选择逃离这个地方。
从古老的房间逃离会，劳拉在泉水间行走时，因水流湍急不慎被冲走，躲避河流上的障碍物时，掉落在先前坠毁的飞机上，就在飞机承受巨大冲击力即将坠毁的时候，劳拉幸运得拿到了飞机上仅剩的降落伞，躲避了树林的危险后，劳拉又来到一座古城，不过这里的住民很不友好，见面就开打。
当劳拉来到了绑架Grim的小村庄，此处埋伏的敌人异常的多。一路上消灭了种种敌人，劳拉终于找到了Grim的踪影，不过当时Grim被人刀架在脖子上，要挟劳拉放弃抵抗，在劳拉放下弓箭和武器后，Grim不想让敌人如愿，遂与敌人斗争一番，最终双双掉落悬崖。当然劳拉不会在这个剧情中死去，最后还是逃脱了。
劳拉终于找到了Sam的踪迹，发现祭祀和一群人正把Sam绑在火刑架上，准备烧死Sam。劳拉这时看不下去，果断拿出弓箭，射击拿火把的人。而村民看有人来搞破坏，顿时将劳拉制服。当准备继续烧死Sam时，不过起了大风，将火吹灭。祭祀认为此时不佳，所以让手下去解决惹事的劳拉。
由于游戏中战斗的缘故，劳拉现在所在的城堡发生爆炸而导致即将坍塌，不过好在Roth及时找来直升机来支援，不过另外3个同伴还在下面承受敌人的攻击。
剧情中劳拉坚决要飞行员将直升机降落去解救同伴，在争执的时候，因为当时的雷雨天气，直接出了事故直接坠毁。
好在高度不是很高，Roth和劳拉都承受了重伤。率先醒来的Roth为了救劳拉，背部受到了飞斧一击，接着拿起双枪解决出现敌人后牺牲了。
在同伴回合时候，大家准备离开这座荒岛。不过由于船的问题缺少了一些零件，大家分头去寻找。就在大家都拿好工具回合时却发现少了Alex的踪影，唯恐Alex遭遇的不测的劳拉决定独自前往寻找Alex。
在一阵山间和林间摸索中，劳拉终于在一艘船上发现了Alex的踪影，不过此时的Alex因为拿工具不慎被重物压成重伤。而此时却被敌人发现，Alex拿起枪解决了他，不过这样会招来更多的敌人。
当劳拉要将Alex带走时，Alex却并不打算离开这里，因为他的伤肯定会成为劳拉的累赘。当他把寻找的工具交给劳拉时，并让他关上了船舱的大门，Alex射向泄漏的瓦斯，古墓丽影9中Alex就这样与这艘船和船上的敌人共同灭亡。
当劳拉赶回去与同伴回合时，发现他们都受了伤，而听他们描述，在劳拉离开的这段时间与敌人展开战斗，而在剧情战斗过程中，Whitman博士和Sam却不见了，劳拉决定要去寻找他们。
在一座武士城堡前，发现祭祀还有Whitman博士和Sam的踪影，祭祀威胁Whitman博士前去吸引武士守卫的注意，而他自己带着Sam偷偷溜进去。因为Whitman不会日语，被武士当作敌人给消灭了。
劳拉突破重重困难上到顶层，发现祭祀想要拿Sam当作容器来复活面前的那尊雕像，劳拉为了阻止这行动，又进行了一番恶战，终于消灭了敌人，带回了Sam与同伴回合，当同伴问怎么回事时，劳拉回答：已经结束了，我们该回去了。
结尾船员说：无论如何，我们很快就会回家。劳拉回答：我不回家。那么旅程还在继续。
