1、小智失踪。然后小黄，正辉踏上找小智的旅途，而小智的比卡丘就跟随着小黄，而后就小茂也就是大木博士的孙子还有火箭队三干部在经历一系列冒险之后一起还有夏伯一起到了四天的根据地也就是一个岛之后。
2、在电馆首领和正辉不敌志霸也就是格斗天王时小智出现。并且最后三个图鉴拥有者聚集到了一起给予了小黄力量让已经打败火箭队老大坂木老人的龙天王渡承受皮卡丘的百万伏特后超路基亚失败。
3、通关后，去中心上方的地震鲶鱼池塘，对话后进化洞开启。进化洞只允许一个人进去。洞内有一水晶，对话，问你是否要进化，选第一项，确定要进化。然后又出现3个选项，第一个等级进化，第二个是用道具进化，第三个是放弃。如果你的等级或者装备的道具达到要求，就可以进化了。有2段进化的PM需要进化2次。
4、让队伍变成一个人的方法：通关后随便去一个迷宫，出来后同伴就会回到他的园地里去了。
5、到园地里找到你想要它当队长的PM，对话选第一项，先让他加入你的队伍。再对话，选第二项即可。
6、在屋子旁遇到愈加王，对话后再到中心广场与荷叶童子对话，再前往池塘与地震鲶鱼对话，得到技能。之后就可以去迷宫冒险了，共40层，最底层是海皇牙，BOSS战。
7、共30层，在底层遇到炎帝，BOSS战。战胜炎帝后迷宫出现，30层，底层遇到雷皇，BOSS战。
8、将它打败后出现，30层，底层遇到水君，战胜后取得(七彩羽毛)，は迷宫开启。拿着(七彩羽毛)去迷宫，40层，底层是凤凰，BOSS战。回到广场遇到圈圈兔，对话，任务完成。另外第二次去可以入手凤王。
9、入手凤王之后触发新剧情，迷宫出现，一共99层，顶层是超梦，BOSS战。购买超梦的友谊园地后，再次打倒它就会加入队伍。
10、去胖丁那里购买水都的友谊园地，一天后发生地震，触发水都剧情，迷宫出现，共25F，底层可遇到蓝水都。
11、打倒蓝水督后回到广场触发剧情，迷宫开启，仍是25F，底层可遇到红水都。
12、某日大嘴鸥送来任务信，接收后到中心广场与木天狗对话，迷宫出现，一共99层。在15F、25F、35F分别遇到岩神柱、冰神柱和钢神柱，打败他们后分别得到。这三个道具可以合成音盒，带着它在36F以后冒险便会随机遇到梦幻。
13、如果通关前没抓3神鸟的话，可以在这3个迷宫的最底层
