1、在完成了冥王星—赛德娜接合点后就可以开启这个新任务，指挥官从庇护所回来后很弱的感觉，在战斗中只能隔很久来一次伤害很低的激光伤害，一直都呆在移魂装置上。《灵魂纷争》中，泰辛将会引导你去往天诺秘密更深层的地方。
2、第一个任务是调查月球庇护所。莲在庇护所中发现了可疑信号，让你前去调查。你前去调查后发现那是泰辛，你问泰辛来这里干什么，泰辛说这与女王有关。女王？莲说没有人真的见过女王，那是克隆尼帝国中口口相传的东西，据说是克隆尼的王。泰辛被你发现后留下了一个魅影，然后自己逃走了。你捕捉了泰辛的，魅影回去。
3、回到飞船后，莲又在木星发现了可疑信号，你便前去调查，这次仍然是泰辛的魅影。然而这次的魅影与之前的不同，这次的魅影居然可以追踪操控信号。
4、从这次捕捉回来的泰辛魅影身上查到了操控信号，是位于塞德娜的一个小行星带上，这次你装备上了反重力曲翼前去调查。
5、进入小行星带后莲告诉你这个小行星带有防御矩阵，必须先关闭防御矩阵后才能知道这个小行星里藏着什么东西。
6、而进入这个小行星带只有通过一个货运通道，这条通道以外布满了扫描器、辐射、地雷、克隆尼死亡激光。可以看出这个小行星带是戒备森严的。
7、而这条货运通道也是有激光扫描的，所以你一定不能碰到这些激光。这些激光是会被这个货船挡下来的，所以你就需要以这个货船为掩体，控制曲翼躲在货船中背靠激光光束的地方。躲避完很多波射线后就到达了一个点，在这个点飞船会被无死角扫描，而这个点左上方有一个小小的洞，刚好容纳你通过。
8、通过这个洞口后还需要躲避几个激光，之后就可以在小行星中的地面登录了，登录后前往敌人的终端，靠近按X键侵入，接着需要保护一段时间让莲侵入终端。下飞船后，指挥官被抛弃在一个冰雪覆盖的地方，十分寒冷。
9、现在的你就是普通人一个，什么都没有，只能行走。这座雪山只有一条路，你需要一直向上走。走了不知道多久，进入了一个山洞之中，而泰辛居然在这里等着你，你愤怒地锤向泰辛，“原来伟大的泰辛是女王的走狗”，却被泰辛退出几米远，太弱了啊。
10、灵感雕塑被上面的冰困住了，你可以用你残留的能量击碎这些冰，冰掉落下来后灵感雕塑开始升空，但是并没有像你飞船里面的小灵感雕塑一样动起来，你还需要给灵感雕塑的中心注入能量（用激光射它）。接下来发生了爆炸，你掉落在了悬崖下面，腿被一根骨头刺伤。难道灵感雕塑需要的是血祭么？信了泰辛的鬼！接下来你只有继续往前走，你要注意，这些石头下面全是人骨，而人骨中似乎有什么东西在游动。这里就要小心了，这下面是会吃人的奥罗金遗留的怪兽。
11、到了最后一段的时候你会发现目眼可及的地方都没有离得近的石块，没有错，的确没有石块，因为你要连续使用两次虚空冲刺穿过这片区域。出洞之后到了一个断崖，你可以用虚空冲刺上去。这个时候泰辛也告诉了你为何他会听女王的吩咐：作为旧时代奥罗金人的侍卫，奥罗金人给了他强大的力量但也给了他们巨大的弱点——无法拒绝拥有奥罗金权杖的人，而女王就拥有这个权杖。
12、接下来的路走着走着你进入了奥罗金的一个神殿遗迹。这个神殿是奥罗金人进行肮脏交易的地方，年轻人列队地从悬崖边上走来，为了给身体枯萎、呼吸困难的奥罗金人的存续秘仪而来。他们将成为这些奥罗金人的容器。
13、接下来又有一个抉择，这里我选择：控制它。憎恨会成为冲动的魔鬼，而接受它，，，那我不就是魔鬼吗？结果这发生的一切都是梦，指挥官没有去到那座雪山，而是一直都在飞船里面，那座雪山是女王制造的梦魇，寒冷、尸骨坑、黄金之喉，这些都是女王为了让你恐惧而制造出来的，而你战胜了它们。
14、指挥官已经思考完毕，分清了梦境与现实，想起了战甲还在要塞中，而泰辛也还在要塞，要不是泰辛也侵入了你的梦中，帮助你回忆，恢复了技能并战胜了恐惧，你已经被女王吞噬了。
15、击败守卫后女王的发出红光的抽取管也可以被指挥官用鼠标左键发出的激光击毁。每击败一个守卫都可以击毁一个抽取管。保护女王的抽取管都没了之后女王就命令泰辛击败你，然而泰辛防水了，并被你打的只剩滴血跪在了地上。
16、女王发出激光攻击你的时候护盾会消失，你需要在她发出激光的那零点几秒之间使用虚空冲刺抢过他的权杖。接下来又是一个抉择，是善良而懦弱地让泰辛杀死女王，还是理智地自己消灭女王，还是邪恶地让年老的女王自己腐烂呢？你自行抉择吧。至此女王就被消灭了，莲叶分析了下泰辛的做法，泰辛将你引向了危险，但这大概也是消灭女皇的唯一方法。
17、接下来好像泰辛在找你去一个地方，你去到了导航装置前下了飞船。原来这里就是梦中的地方，这里原来是真实存在的。接着上去你会发现远处一道石门开启了，进去吧指挥官。进入石门后一路网上走，豁然开朗，远处好像站立着一个人。原来是泰辛师父啊。这个权杖的力量你打算如何使用？我选择的是“控制”。因为我不软弱，也不邪恶。
18、灵魂纷争就此完结，现在再献上一张我家指挥官的帅照(*^▽^*)
