二周目在选择跳过动画之后回到了家里。
下楼，爸爸给了船票。
爸爸走后，米可利打来电话说要我们去找其他冠军的秘密基地。
然后是看电视选择水都的颜色，建议选择不喜欢的那个。
出门后小田卷博士带着来到研究所，升级全国图鉴。
去水静市找米可利，就在一周目过不去的那个魅影摩天楼门口(水静市地图)。
首先来到冬雪镇，化石迷的家里可以拿到第二块化石(冬雪镇地图)。
同样是拿到得文公司二楼复活。
冬雪镇向左穿过流星瀑布，这里的洞口内找到小赤和小绿，可以对话挑战(流星瀑布附近114号路地图)。
小赤精灵：Lv.62妙蛙花 Lv.62喷火龙 Lv.62水箭龟 Lv.62乘龙 Lv.63卡比兽 Lv.66皮卡丘。
小绿在门口那里，差点漏掉，对话挑战。
飞到茵郁市，在这里冲浪向下走，找到希罗娜的秘密基地(119号路地图)。
与希罗娜对话可以挑战她。
希罗娜精灵：Lv.62冰精灵 Lv.62假面蔷薇 Lv.62波克基斯 Lv.62鬼盆栽 Lv.63路卡利欧 Lv.64烈咬陆鲨
茵郁市左边的天气研究所，到二楼与研究员对话得知某处降雨(小夜为127号道路)。
飞到绿岭市向下冲浪沿着右边岩石走，这里潜水下去。
在有光的地方上浮，进入洞口。
尽头可捕捉Lv.70海皇牙。
再次回到天气研究所与研究员对话，得知某处天气干燥。
飞到冬雪镇，向左走，这里多了处洞口。
洞穴深处捕捉Lv.70古拉顿。
茵郁市向右下走，这个洞里找到渡(120号路地图)。
渡精灵：Lv.62刺龙王 Lv.62沙漠蜻蜓 Lv.62三头龙 Lv.62双斧战龙 Lv.63血翼飞龙 Lv.64快龙
冬雪镇向右走，冲上斜坡，这里找到阿戴克和爱丽丝(111号路地图)。
阿戴克精灵：Lv.62噬魂吊灯 Lv.62怪力 Lv.62狡猾天狗 Lv.62胡地 Lv.63战羽鹰 Lv.64焚翼蛾
5、艾莉丝在右下角
艾莉丝精灵：Lv.62沙漠蜻蜓 Lv.62三头龙 Lv.62七夕青鸟 Lv.62血翼飞龙 Lv.63快龙 Lv.64双斧战龙
随便提下，流星瀑布的大吾在这个多出来的洞内，可以去挑战(当然不去也没什么关系)。
大吾精灵：Lv.61盔甲鸟 Lv.62青铜钟 Lv.62班吉拉 Lv.62摇篮百合 Lv.62太古盔甲 Lv.64巨金怪
小光在冠军之路的出口处，跟4.5版本一样，可以去挑战(冠军之路地图)。
小光精灵：Lv.54七夕青鸟 Lv.54火爆兽 Lv.54巨龙花 Lv.54大力鳄 Lv.55沙奈朵
回去找米可利对话，这是接到了有挑战者来的电话(水静市魅影摩天楼门口)。
脑海中响起了小赤等人的对话，回神后继续剧情。
飞到精灵联盟接受挑战吧，与守门的两人对话。
挑战者竟然是N，对话后进入战斗。
N精灵：Lv.66雪妖女 Lv.66钢钻鼹鼠 Lv.66噬魂吊灯 Lv.66自爆磁怪 Lv.67索罗亚克 Lv.68三头龙
胜利后主角辞去了冠军的职位。
然后……然后主角就醒了。
漫长的回忆终于结束，现在位于阿克罗马的实验室内。
然后是一段很长的剧情对话，要去寻找小遥小光，询问有关三日月之羽的事情。
在门口的博士给了点小遥的线索。
