1、幼树整形
树苗长至50厘米左右，切顶定杆，在剪口下培养三枝生长强健、均匀分布的主枝。尽快扩大树冠，形成牢固的骨架。主枝要少，枝组要多，拉开距离，主枝与副主枝配置必须合理。再者，定杆后每次抽梢生长到20到30厘米的时候，去顶。促使大部分休眠芽转化为萌动芽，萌发生长。对不作延长枝的夏、秋梢，除徒长枝应删除外，一般不用修剪，让它自然分枝后，成为结果枝组。
2、生长期修剪
是在柠檬春梢抽发后至采果前的各项修剪。又分为夏季修剪和花期修剪等。夏季修剪以抹芽、主要摘心和短剪，主要是为了控制其枝梢的生长势，促进果实生长发育。生长期修剪要尤其注意剪后在剪口处喷布杀菌剂消毒，否则容易引发流胶病等多种病害。
3、初结果树修剪
以轻疏长放为主。这样里需培育优质结果母枝，维持每年有足够的花量来增加产量。树龄越大，产量增多，修剪量也要逐年增加。修剪上更多采用夏季修剪，结合培养树形，继续配置副主枝和侧枝，对延长枝短截，删除短截后过多的枝梢、对打乱树形的徒长枝尽可能地采用拉枝、扭梢和删疏处理。
4、盛果树修剪
夏季采用抹芽、摘心、冬季采用蔬剪、回缩相结合，逐年增大修剪量，尽可能保持梢、果生长平衡，防止大小年结果。对结果枝组采取轮换压缩修剪，春秋梢抽生较长的，留8-10片叶尽早摘心。
5、密植树的修剪
在柠檬密植树结果的前几年，修剪宜轻，主要是抹除夏梢保果，促发秋梢作结果母枝，及时短截结果枝组。对7、8年生及以后的柠檬树，要加重缩剪衰弱枝组和大枝，以延缓树冠郁闭。树冠封行交叉处，要压缩增密树（非永久树）上部的大枝，以保证永久树的扩展。间伐后永久树按稳产树修剪。
6、对衰老树的修剪
对衰老树宜在春梢萌动时，根据衰弱程度进行不同程度的更新修剪。非常弱的柠檬树要在开花前短剪，疏除花蕾，并在夏季回缩，结合施夏肥，促发夏梢恢复树势。对开始衰老柠檬树，部分枝群衰退，尚有部分能结果的，可每年回缩剪除1/3的侧枝与小枝组，促发新的侧枝生长强壮，更新树冠。在轮换更新期间，尚有一定产量，三年全树轮换更新完毕，即可获得较好效果。衰老非常严重的柠檬树，可以淘汰掉。衰老树更新修剪最好结合*壤改良增施有机肥，断掉部分1到2厘米粗的粗根，促发新的细根。
