北宋徽宗崇宁年（1102-1106年），法云居士云游至丹霞梦觉关，见奇洞胜景，山石“色如渥丹、灿若明霞”，顿觉醒悟，发出“半生都在梦中，今日始觉清虚”的感叹，遂题“梦觉关”，并在此建庵宇18间，供奉观音菩萨。
明代崇祯末年（1644年），江西赣州巡抚李永茂抗清未遂，携家眷隐居于丹霞山“长老寨”，筑舍开田，邀朋聚友。其弟李充茂于后将此山施予寺庙。
清康熙元年（1662年），广州海幢寺澹归禅师，来丹霞山开辟道场，营建别传寺。先后修建大雄宝殿、弥勒殿、观音阁、藏经阁、方丈楼、禅房、客堂等，建成一座颇具规模的半山寺院，取佛教禅宗“不立文字，教外别传，直指人心，见性成佛”的教义中“别传”二字为寺名，称“别传禅寺”。
康熙二十一年（1683年），广州海幢寺另一僧人古健在丹霞山半寨和洪岩两处建有庵堂，并于康熙五十年（1714年）重塑十八罗汉。丹霞山香火日益旺盛，参拜活动络绎不绝。
清乾隆四十一年（1776年），南韶雇员李璜游览丹霞，在别传寺藏经楼发现澹归禅师文稿《偏行堂集》，有反清之嫌，便上呈高宗，僧徒遭大肆杀戮，别传寺首遭大劫。
民国十四年（1925年），国民党军队隔锦江炮击黄耀祥等百余土匪，别传寺所有珍贵法器被遁逃顽匪横扫一空，使别传寺遭到第二次劫难。
民国十五年（1926年），国内战乱频繁，地方秩序异常混乱，仁化县立中学移至别传寺避劫难，不慎失火烧山，大雄宝殿，韦驮殿等大型建筑物皆化为灰烬。别传寺遭第三次浩劫。
民国二十三年（1934年），广东西北区绥靖委员李汉魂率军驻扎韶关，重修丹霞精舍、丹霞下院等，并作《重修丹霞记》。
解放后的1963年，仁化县建立丹霞山林场。1980年本焕法师募捐千万元重修别传寺，并陆续重修锦石岩等景点。
1984年，别传寺佛像开光，国内外佛教徒千余人前来祝贺，盛况空前。从此，别传寺和锦石岩以其繁盛的宗教活动吸引着成千上万的佛门弟子和海内外游客络绎不绝前来进香游览观光。
开发保护编辑
旅游开发
丹霞山于1995年经国务院批准建立国家级自然保护区，该自然保护区是以“丹霞地貌”为主要保护对象的国家级自然保护区。2009年正式挂牌成立广东韶关丹霞山国家级自然保护区管理局。自成立自然保护区以来，丹霞山一贯坚持科学规划、统一管理、严格保护、持续利用的方针政策，在广东省政府及业务主管厅局的重视和指导下，通过立法保护、完善保护规划等完善的保护，投资1亿多用于地质遗迹保护和环境整治，广泛地开展科研与科普活动，丹霞山自然保护区的管理工作取得了较好的成绩。
基础建设
1999年4月，联合国教科文组织常务委员会第156次会议提出了创建世界地质公园网络计划，建立全球地质遗迹保护网络体系。
2000年3月，国家国土资源部批准了开展国家地质公园工作的报告。
2000年8月，正式成立了“国家地质遗迹保护（地质公园）领导小组”，同时成立了“国家地质遗迹(地质公园)评审委员会”。
2000年9月，国土资源部以国土资厅发[2000]77号文下发了《关于申报国家地质公园的通知》，中国国家地质公园工作步入规范化的道路。
2001年6月，联合国教科文组织执行局决定，支持其成员国创建具独特地质特征的自然公园。
2002年1月，联合国教科文组织表示将组织建设世界地质公园网络工作。
2003年4月，国家国土资源部启动了世界地质公园申报工作。
1995年，被国务院批准为国家地质地貌自然保护区。
2001年，被国家国土资源部批准为国家地质公园。
2004年2月14日，被联合国教科文组织世界地质公园网络委员会批准为世界地质公园。
