第一次
医院屋顶，被卡卡西拦下
第107集 想和你比试!终于对峙 佐助vs鸣人
第二次
佐助夺回战，终结之谷，鸣人输了，佐助离去
128-134集
第三次
佐助杀死团藏后，小樱去杀佐助，鸣人干到救了小樱，短暂交手，佐助随阿飞离去
第435话 两人的宿命
第四次
最后一次，封印辉夜后两人去终结之谷再次交手，平手，各失去一条手臂
第695话
六道仙人希望两人能同心协力，解开无限月读，但佐助却突然宣称自己要发动“革命”。鸣人、佐助重返终结之谷对决，经过一番大战之后，以两人各断一臂收场。佐助终于认同了鸣人的道路，承认败给鸣人，随后二人解开无限月读。
大战结束，但佐助并未就此和鸣人一起解除无限月读，而是扬言要将现任五影处以极刑，接着使用幻术和地爆天星封印了九大尾兽。鸣人决定出面制止佐助，两人前往终末之谷展开宿命的最终决战。佐助否认了鸣人追求和平的方式，认为要真正实现和平，应独自背负着全世界的仇恨，使忍界有一个公敌，才能让人们团结起来。而鸣人是他现存唯一的羁绊。只有亲手杀死鸣人，才能完成他的这一目标。
经过一天一夜的激烈鏖战，二人均失去了半只手臂，而且都身受重伤不支倒地。面对如此坚持制止他的鸣人，佐助表示自己对于鸣人的做法感到疑惑不解，自己也想自我了结来赎罪，鸣人则告诉佐助自己早已将他视为朋友，所以无论如何都会分担他的痛苦，阻止他身陷泥沼。佐助继而回忆起迄今为止和鸣人邂逅的点点滴滴，最后笑着承认鸣人才是这场对决里真正的赢家。
之后樱和卡卡西抵达终末之谷，为重伤倒地的二人疗伤。佐助首次坦然接受内心感情，为先前所铸下的错误向樱致歉，并且和鸣人一起解开了无限月读，救出了深陷幻术中的世人。
返回村里休养直至康复后，佐助告知卡卡西和樱他即将再度启程，远行他方看一看曾经因为自己被仇恨蒙蔽了双眼而错过的人和事。佐助婉拒了樱希望与之同行的请求，并答应自己会再度归来。才离村没多久，鸣人出现在佐助的面前，交还当初被自己用螺旋丸划过的木叶护额。佐助收下护额，承诺履行忍者的职责，两人就此告别。
