1999年前
死海附近的山洞中，最完美和古老的希伯莱文《圣经》被发现，被人称为“死海文书”，书中无可质疑的证据，宣告了始祖人类“亚当”和使徒的存在，预言人类将被“使徒”毁灭的过程和情形。为研究出避免这一命运的方法，联合国成立特别机构“SEELE”。
2000年9月
科学家葛城博士领衔的探险队，在南极发现人类的始祖亚当，对亚当进行实验时，忽然发生大爆炸。爆炸引起南极冰川融化、地轴扭曲，人类遭受近乎灭顶之灾，人口锐减一半。这被视为继诺亚方舟时的洪水之后，又一次相同等级的灾难，因此被称为“第二次冲击”。联合国对公众隐瞒真相，宣称是陨石撞击所导致的天灾。但在残留的影象中，爆炸中心有一个背生翅膀的光之巨人。归根结底，这被所有知情人看作是企图将神据为己有的人类遭受的天罚。事后SEELE组织属下的研究员六分仪源度和碇唯结婚。葛城博士的独生女葛城美里在南极被救援人员从葛城探险队仅剩的逃生舱中发现。后来的故事中心人物就是这些人。
2001年
由于第二次冲击，SEELE开始着手进行“E计划”，巨大的人形兵器EVANGELION(即EVA)理论被提出，并进行设计制造。除绫波丽外，所有的驾驶员诞生。
2004年
EVA测试型初号机建成后的接触实验中发生意外，驾驶舱中的啶唯彻底消失，被视为死亡。根据实验中发现的情报，SEELE开始制定实施“人类补完计划”。并成立对使徒作战机关“GEHIRUN”。
2005年
日本在富士山的箱根地区开始建设第三新东京市，GEHIRUN的总部在该市地下的巨大圆顶空洞内秘密建立。第二东京大学的葛城美里与加持良治、赤木律子结识，成为好友。这些与EVA和使徒有千丝万缕的年轻人，后来都陆续加入与SEELE相关的组织。
2015年
源度将已经三年不和他见面的儿子真嗣召到第三新东京市，命令他坐上EVA初号机与来袭的使徒战斗。一开始真嗣不乐意听抛弃自己多时的父亲命令，当他看到源度想让受了重伤的零号机驾驶员绫波丽出战后，迫于无奈才服从。坐上EVA初号机后，从未进行过战斗训练的真嗣，居然让初号机发挥出前所未有的力量。虽然真嗣战胜使徒，但他们父子之间无比僵硬的关系，让葛城美里实在看不下去。于是她申请成为真嗣的监护人，把他接回自己家住。
真嗣对第一次见面时印象深刻的绫波十分好奇，知道她的过去和记忆都是一片空白后，却看到她能和父亲谈笑自如感到震惊，甚至有些嫉妒。可在绫波豁出性命来保护他的一次战斗后，他终于鼓起勇气对她说：“你还有我这个朋友。”
从NERV德国支部回归的加持良治带回了EVA二号机和驾驶员总流.明日香.兰格雷真嗣、绫波和明日香三人构成NERV迎击使徒的主要战力。而加持另外为源度带来了更重要的东西—亚当的胚胎。NERV的首脑与上司SEELE背道而驰的念头初视端倪。
明日香的高智商和傲慢，让她渐渐不能忍受战斗以真嗣的初号机为重心。她对真嗣和绫波，以及看重这二人的美里和源度，抵触益发强烈。终于酿成大错，导致使徒对她的精神攻击得手，随后状态一落千丈，EVA越来越无法操作自如。就在美里和源度放弃她的时候，她和真嗣的同学铃原东治被选为三号机的驾驶员，三号机被使徒侵蚀时，源度无情地下令抛弃三号机并将其视为使徒战斗，让真嗣和他关系彻底破裂。在露出反抗意图的真嗣被NERV禁闭。明日香毫无作用的状态下，独自迎战使徒的绫波，以自爆和敌人同归于尽。
可是不久后，绫波又出现在悲痛不已的真嗣和美里面前，并且说出奇怪的话：“记不得过去的事情，大概我是第三个。”因为被源度无情抛弃，赤木律子索性向二人揭开了绫波的真相。在NERV深处最古老的实验室，他们看到培养槽中无数有绫波外形的人偶般的躯壳，她们作为灵魂的容器，是对亚当进行研究的最早成果之一。原来源度进行自己的人类补完计划，真正目的是要再见到亡妻。幻想得到源度感情的律子说出一切后，毁灭了所有的绫波克隆体。
至此，走向冲突高潮的《EVA》，迎来了两个不同的结局，一个是电视动画的妥协结局，一个是剧场版的人类补完计划实现的真正结局。
这是本人一本正版画集里的剧情介绍~
这是我之前就回答过的一个答案，看完后肯定对你有很大帮助的~！！！
