主线剧情： “喂，小孩，小心草丛！”
这个声音的主人是大木博士。 正当少年R要独自出村，博士把他叫住了，并告知草丛里栖息着着野生的精灵，除非上边带着自己的精灵，不然会很危险……然后将少年带到了他的研究所。 故事就这么拉开了序幕，玩家所扮演的角色就是名叫R的少年(当然你也可以自己取名字),住在真新镇（マサラ）。
随着博士到达研究所，同时遇上了博士的孙子，名字叫小茂的少年(当然也可以自己取名字，就起你的仇人的名字吧)。
博士让你在他所拥有的三只精灵中任选一只相赠（三只精灵分别为：小火龙、杰尼龟、和妙蛙种子，均能有两次进化），选个你喜欢的吧。
挑好后，小茂也选了一只（在属性上克你的），并向我提出挑战。
作为开盘战，不是很难，就当先试试战斗系统吧。
而后他离开，但这只是开场白，以后他有的烦你了。 辞别了博士，可以离镇了。果然如博士所言，草丛里确实藏有不少精灵，好好练一下级吧。
很快便来到了常磐市（トキヮ），在商店里，从店主手里得到邮件。连忙赶回研究所将它交给博士，博士就会给你图鉴，于是菜单中多出一项图鉴，这意味着可以开始着手收集精灵的工作了。
顺便再去一趟邻居小茂的家，拿到小镇地图（注意：此时不拿的话，以后就再不能拿了），可以正式出发了。
一路向北行进，一间大屋挡住了去路，只有通过常青森林才能找到出路。
在森林里会首次遇上精灵训练师这种身份的人，而与之交战是可以得到经验值和金钱，而且精灵通过获取经验值才能升级和进化，所以千万不要错过。另外，这个森林有皮卡丘，喜欢的朋友就更不能错过哦^_^ 走出了森林，发现已来到了日比市（ニビ）。这里建有一座博物馆，只要花50元就可以进去大开眼界一番。另外还有一间屋子标有GYM的记号，这就是道馆（道馆地图如图）。
这里是训练家小刚，进去打败他，得到徽章的同时还得到34号技能机以示鼓励。之后和这个人（如图）说话，会给你跑鞋（按B可快跑）。
此时市右的道路可以通行了，来到观月山下。
洞门口有一间PC内会遇上一个卖鲤鱼王的，虽然以后可以通过其他方法得到，但人养的要比野生的长得快，但要多花500元，这是传说中的鲤鱼王，当前素质极差，攻击力不过10，但至20级后进化为暴鲤龙，攻击力非常强。 来至洞内，一方面战斗，一方面前进，虽有点累但收获不小。
途中所得各宝物中有一个名为月之石的道具，能使某些精灵立即进化。
在打败这里的考古学家后，他会让你从他身后两块古代物种化石（左面是镰刀盔，右面是菊石兽）中选一块。出了山洞，便是华蓝市（ハナダ）。不出所料，第二位首领小霞在此，上门去好好请教一番吧，打败后得到蓝色徽章（道馆地图如图）。
市里开有一间自行车商店，不过绝对是买不起的，自行车得到的方法下文有述。
沿着华蓝市一路北上，遇到了久违的小茂，不免又要“大动干戈”一番。
这一路上还有许多训练师，打败他们后可以得到不少的经验值。
过桥后来到海角的小屋（みさきのこゃ），见到了变成成怪物模样的正辉（マサキ）。
交谈中得知他已造好一架机器来使他恢复人形。答应帮助他后（在电脑上按一下A），正辉成功地恢复人形走了出来。为表感谢，他送给你一张船票（很重要的道具），离开后回到华蓝市（ハナダ），发现右面屋门口的警卫让开了路，进去一看，屋内是一片狼籍。询问了主人后得知有一人来捣乱，而且又打破了墙逃走了。穿过那个墙洞，在屋后发现了一个形迹可疑的人，未谈几句就露出了真面目，于是教训了他，并从他身上“搜”出了28号技能机器。 一路往南看到了两间屋子，不过通往黄金市（ャマブキ）的路已被封锁，只能向下走，途经一饲育屋，里面有人帮你照顾精灵，但是不能繁殖……穿过右面的隧道，再经过一大片草地，到达枯叶村（クチバ）。村里某间屋内可得到对换券（ひきかぇけん），若回到华蓝市，向自行车店老板出示的话，会得到一部崭新的自行车，这样走路就省力多了。而村里另一间屋内则会得到钓杆，作用不用多说，使用方法则是现对水域使用道具“钓杆”。村里有一个港口，这下船票可以派上用场了。出示船票后来到一条豪华的游船上。船舱内的旅客有相当数量是精灵训练师，小心应付。如精灵的体力不足，可在入口右边数起第二个房间里恢复体力，另外在厨房的垃圾筒里可以找到三颗果实。在船长室门前的通道内再次碰到小茂，战斗结束后再去找船长。耐心听完他一番话后，很高兴地把他珍藏已久的01号秘传机器（切树）交给我。离开船上岸，船起航了。将此秘传机器给精灵装备上，便拥有了切树的能力。还记得村里有间GYM屋么，现在可以进去了。调查里面的垃圾筒，连续两个不同声音，就能把门的开关打开。这里的首领是用雷电系的精灵，打败他就得到徽章（道馆地图如图）。由于拥有切树能力，可去的地方很多。先去村右的地鼠山洞（ディグダのあな），穿过山洞发现有一小屋，若目前精灵图鉴拥有种类已达10种，便可从屋内人处得到05号密传机器（闪光）。再回到华蓝市，往右走，一路经过9号，10号路来到岩间隧道（イワャマトンネル）。洞内一片漆黑，那就来光吧。使用闪光，果然一片光明，视野也开阔多了，略费周折就可以出洞，到了紫苑镇。村民为悼念亡灵建造了一座ポケモン塔，现在由于无法使阻路的精灵现形，所以建议先不要急着上去。 从西面离开紫苑镇，在8号路发现了另一条地道（ちかつぅろ），并且通往玉虫市（タマムシ）。沿地道到达该市，此处有一间百货公司，可以购得许多重要道具，切记到楼顶去买饮料！三种都买，然后跟顶楼的人讲话，就会给你三不同的种技能机。另外注意一下百货大楼旁边的大厦，这栋大厦有后门，走后门进去到顶层可拿到NO.133伊布，使用水之石，雷之石，炎之石可以分别进化成三种精灵。拿到伊布后，再从前门进去，和里面的一位老奶奶对话，她就会给你一杯茶（非拿不可，否则剧情无法进行）。在PC下方的一间餐店，进去后和一个客人对话可以得到硬币盒，用于存放游戏代币，才可以到游戏中心玩小游戏。进入游戏中心，在柜台旁看到一名正在看墙上的画的精灵训练师。过去和他对话，就会发生战斗，打败他，他会逃跑。调查墙上那幅画，发现是个隐密的机关，开动后出现了一条通往地下的阶梯。顺着阶梯而下，打败多位训练师，最后在地下4层打败一位精灵训练师后再仔细盘问他，会乖乖地交出一把电梯钥匙（ェレベ—タのカギ）。来到电梯内，选择目的地地下4楼，出来后打败门卫，就见到了头目。一番较量之后，他会交出透视眼镜（シルフスコ—プ）。从秘密基地出来后，到GYM去挑战第4位首领吧（道馆地图如图）。这里的训练师用草系精灵，打败首领后得到徽章。之后赶快回紫苑镇，上精灵塔（ポケモン），在塔2楼又遇到了你的对手小茂，他又向你挑战……五楼有个可让精灵恢复体力的地方, 由于有了透视眼镜，楼顶的那个神秘的精灵就无所遁形，原来是嘎拉嘎拉（Lv30）。打败它之后救出一老人，与其交谈后回到他家中，为了答谢，会给你笛子（ポケモンのふえ），可唤醒沉睡的NO.143卡比兽(只有两只)。不过笛子也可以在精灵战斗中被催眠时使用，可唤醒它们。 离开紫苑镇向南走，一只贪睡的卡比兽躺在地上挡住去路，用笛子去吹醒它，这下它醒了，可也生气了，免不了乱斗一阵，顺便也收复它吧。 之后在路上一小屋内又得到一支好钓杆（すごぃっりざわ），比以前那把好用多了。一路来到石竹市（セキチク），第5位首领在此“恭侯多时”了。另外在GYM屋内有一个看不见的结界，只有沿紧靠右墙的路从他背后绕过去才能与之交战（道馆地图如图，已把看不见的墙标出）。如果拥有的ポケモン数量已达50种，则可去市外屋内二楼，会得到一宝物学习装置（かくしゅうそうち）。另外这里有狩猎场，花500块钱买入30个狩猎球（サファリボ－ル）去狩猎吧（600步限制）。这里的怪物都不错，值得一提的是水池里的迷你龙（ミニリェウ）别看现在弱得像“傻瓜”，待两次进化后包管你大吃一惊，绝对值得培养。还有不少其他精灵，是别处绝对没有的，用心捕捉，捕捉时共4项指令，其中エサ是喂饵，ぃし是拿石头砸，对不同怪物必须采取不同手段才能顺利捕到（例如迷你龙就得先喂一次饵再捕捉，包管手到擒来）。在狩猎区内找到一副金假牙（きんのぃれぼ），出来后把他交给PC右侧屋内的老爷爷，他会很感激地把04号秘传机器（かぃりき）交给你（作用：推动巨石），另外还能在狩猎场里拿到03号秘传机器（なみのり：冲浪）。在拿秘传机器04的屋子旁边那个屋子，可得到超级钓竿。 打败这里的道馆首领后回到玉虫市，往左走，唤醒卡比兽，将上方的树斩了，到左上角屋内可得02号密传机器（そらをとぶ），只有飞行系能装备（能去曾经去过的城市）。另外如果有30种PM，在此关卡2楼，可以得到守卫饭（战斗后得到多一些金钱）。往右出市，经过关卡，警卫说口渴想喝茶，于是将茶（从老奶奶手中得到的）交给警卫，这下他放行了，于是来到黄金市。和人们的谈话得知，这个城市已经被火箭队占领……市里有一座高11层的大厦，那里就是火箭队的基地。这幢大厦有很多传送装置，还有紧闭的门。利用那些传送装置，在5楼会找可以打开那些门到钥匙卡（カ－ドキ－）。在9楼左下方有个人会帮精灵恢复体力，这样就不用跑去PC屋了。最后在3楼的一个传送点，传送到7楼，再次与小茂交手，之后和旁边一个人对话，得到乘龙（Lv25）。再经过一个传送点，在楼顶见到火箭队的头目并与之交手，之后与屋内人交谈，可得大师球（マスタボ—ル）。出了大厦，第6个GYM门前已无人阻挡，这个道馆的首领用的是超能系，打败她同样得到徽章(道馆地图如图)。在GYM旁边还有另一间道馆，不过是假冒的，若有兴趣打败里面的首领，可以在两个格斗系的口袋妖怪中任选一个，左边是沙瓦郎，右边是艾比郎。 再次回到石竹市，从市南下水，一直游到双子岛，穿过岛上山洞。洞内机关须用精灵能力推动岩石（装备秘传机器04），使之落到最下层，等到2块都落下并阻住水流，就可以出洞了。另外洞内最深处还有一只急冻鸟，动一番脑筋争取捉到它！从山洞出来，继续往左游至红莲岛，第7位首领就在此。岛内的研究所，可将以前获得的化石（カセキ）或琥珀（コハク）交给一位科学家，他就会通过一系列高科技技术提取细胞培育出已经绝种的精灵，其中化石培育出的可进化。这里的GYM屋被锁上了，还是先去屋左的楼内找钥匙吧。那些雕像是用来控制门的开关的，反复摆弄，终于把钥匙弄到手了，可以进GYM屋了（道馆地图如图）。打败首领卡拉，得到徽章。刚迈出道馆大门，就被一个人叫住，然后被带到一艘船上，来到一个小岛（橘子群岛）。下转支线剧情攻略。 现在只剩下常磐道馆了，就回常磐市吧。现在可以有两个选择，一是从红莲岛出发，往北走水路回真新镇，再到常磐市；二是直接用飞行秘籍回去。至于哪个，随便选择。回到常磐市，进去GYM屋，首领就是火箭队的头目！不过这次他及其属下的实力确有提高，不可掉以轻心（道馆地图如图，未标出首领）。打败后别忘了再次交谈，而后他就……消失了？！ 至此，已经打败了全部八位首领，但还不算完。从常磐市出发向西北方的精灵联盟（セカエイ）走，路上会遇上对手小茂，但他现在已不是我的对手了，轻松解决，嘻嘻。 到达宫殿后，向各卫兵依次亮出自己苦心战斗才获得的各枚徽章之后来到迷宫内。机关同样要推动岩石压住才行。出了迷宫，终于到达精灵联盟，在PC屋恢复体力之后，向四天王进军吧！注意，一旦踏进大门，就不能出来恢复体力了，所以建议多带一些恢复药之类的，当然，等级够高的话是不成问题的。不过如果你没有50级以上的实力，就关机重来吧，好好练级，等到实力大增，再去挑战。打败四天王后，就要和小茂进行最后一场冠军争夺战了。经过一阵天昏地暗的拼杀，终于打败了小茂。这时大木博士赶来，宣布我成为了新的冠军，并带我进入口袋殿堂，记录我所使用的精灵，之后就是大结局。 精灵联盟训练家列表： 天王1 lv52 白海狮 lv52 呆河马 lv54 乘龙 lv54 迷唇姐 lv51 铁甲贝 天王2 lv51 大岩蛇 lv53 艾比郎 lv56 怪力 lv53 沙瓦郎 lv54 大岩蛇 天王3 lv54 耿鬼 lv54 大嘴蝠 lv56 阿柏怪 lv58 耿鬼 lv53 鬼斯通 天王4 lv56 暴鲤龙 lv58化石翼龙 lv54 哈克龙 lv54 哈克龙 lv60 快龙 小茂 lv59 比雕 lv59铁甲暴龙 lv57 胡地 lv61 ? lv59 ? lv63 ? 后三只精灵会因应我方开始选择的精灵而出现影响 开始选： a.小火龙 b.杰尼龟 c.妙娃种子 的话，小茂后三只就会分别对应是： a.风速狗,椰蛋树,水箭龟 b.暴鲤龙,风速犬,妙娃花 c.椰蛋树,暴鲤龙,喷火龙 前三只则不变 支线剧情（新增剧情）： 打败第7个道馆的首领后，出道馆时会有一个人叫住你，要带你去一个岛屿……选定是后，他就会带你上船，然后去一个岛屿（记得带上会冲浪的精灵）。下船后来到PC屋里被告知岛上的电力出现问题，需要两块宝石来修复，所以现在是不能使用电脑的。 1号岛：在北部看见一个山洞，洞内有温泉，泡温泉可以恢复精灵的体力，而且上面的那个老爷爷还会给你6号秘传机器（碎石）。出来后继续往北走，发现一座山。走到山顶，出乎意料，山顶居然有一只火焰鸟（Lv50）！收复它然后回到1号岛的 PC恢复，接着坐船到2号岛。 2号岛：到了2号岛，发现一座特殊的房子（如图），进去之后有事件发生，主人家的小孩去3号岛采集至今未归家所以请求你帮助寻找。在这所特殊的房子左边的那个房子里，可以让精灵学习以前的招式，条件是两个小香菇，一个大香菇（可以从派拉斯身上获得），就和以前心灵鳞片一样。另外这个小岛的山顶上有个人可以教给精灵三种厉害的招式，别错过（只有主角精灵能学）。然后再坐船去3号岛。 3号岛：到了3号岛，看到单车党，单车党与居民发生冲突，后来与单车党交手。解决他们之后，居民为了答谢，送给我礼物！再往西北边走，看见一片树林，在树林里找到了小女孩，突然这时有一只Lv30的素利普跳了出来，打败它之后救出小女孩。把小女孩送回她家。他爸爸为表感谢，送了件礼物给我！再回到1号岛的大型PC里最后被人送回了红莲岛。 通关一遍，抓住超过60种精灵，然后去博士那里升级成386版图鉴，之后到港口坐船去第一个小岛的火焰山，右边有两个火箭队队员，打败他们进入山洞，在山洞中要使用秘传机04怪力推石头后才能到达深处，得到红宝石。回去在1号岛的PC把宝石给博士（如图），便得到船票，之后可以坐船去7个岛。 4号岛：在4号岛一下船就会遇见对手小茂，但说了几句就跑了……值得注意的是，在这个小岛可以养精灵（如图）^_^然后到商店旁边的屋子和里面的人对话，再用冲浪过右面的一个小湖，来到一个冰洞。注意，洞内有些地方需要踩冰，踩两次就会掉到下一层。另外还有滑冰，要利用冰块上的石头转换方向。洞里可以拿到秘传机器07（登瀑布），有个地方要使用登瀑布进去，之后可以遇见四天王之一—冰天王，旁边还有火箭队的人，与其谈话后会发生战斗，赢后会告诉你口令。得到冰天王的感谢后回到坐船那里，出发去5号岛。 5号岛：到达5号岛之后到左上方那里使用冲浪，下水后往左走，登陆之后和如图这个阿伯对话，他会给你一颗蛋（孵化出No.175波克比）。继续前进会到达一个小岛，上面有山洞，洞里边墙四面有洞，是个迷宫，迷宫可以拿5样东西!走法如下（每次都要回到门口才行）： 第1个道具：右-下 第2个道具：右-上-下-上 第3个道具：右-上-下-下-右-右 第4个道具：右-上-下-下-右-左-下-左 第5个道具：右-上-下-下-右-左-下-右-上 走到第5个时会遇到一个女孩，然后把你带回家，发生谈话。之后来到如图地方，和这个人说话，别忘记拿走下面的道具。然后回到岛上坐船去6号岛。 6号岛：到了6号岛，进入PC，就看见小茂。和岛上的人谈话得知，在小岛南面有一扇门无法打开，于是就来到门前。调查那扇门，会出现象形文字（如图），经过研究，知道可以用斩树使门打开。进门后，在最深处找到一块蓝宝石，这时候火箭队一研究员冲过来，把它抢走了…… 为了追踪蓝宝石，于是返回5号岛。这时候就可以进入火箭队的研究所（如图），打败研究员后就可以夺回蓝宝石。过后带着蓝宝石回到1号岛的PC屋，将之交给博士。博士就会把通讯机器修理好，现在就可以和宝石版以及NGC的竞技场通讯了……剧情进行到这里，就可以进入超梦山洞了，不过先别着急，还是先坐船到7号岛。 7号岛：到达之后往上走，用冲浪，再往上走，上岸之后来到战斗塔。打过4层之后到顶和这个人对话，中途可以回到1层加血。南面的遗迹里可以捉到No.201安侬。 最后回到华蓝市，在左边山洞口挡路的人已经让开了，进入最深处捕捉超梦吧，有Lv70哦^_^ 要到8、9号岛，一定需要神秘船票。或者输入金手指代码02031CF0:3a02，9号岛的；02031CF0:0002，8号岛的。两条金手指分别输入，切记，到达后一定要关闭金手指！ 8号岛：这个小岛上有个山洞，沿着山洞的路进去，直到看到一分岔口。往左走，上楼梯，就可以看到一只凤凰（Lv70）；往右走，下楼梯，就可以看到一只洛奇亚（Lv70）。 9号岛：这个小岛除了一个谜题之外就没有任何东西了。你需要做的就是调查那个三角形样的东西，直到它变成红色，这个过程需要最短路程完成，否则就要重新开始。只要你走过去，碰最靠近你的那一边，就可以很容易地完成。当它变成红色的时候，小岛就会摇晃，No.386就会出现，收复它吧^_^
