阿卡姆疯人院事件后一年，院长Quincy Sharp成为高谭市市长，随后下令关闭疯人院与黑门监狱(Blackgate Peniteniary)、收购市内贫民区并把所有囚犯移送至此大型开放式监狱设施"阿卡姆之城"。设施由心理学家雨果博士(Hugo Strange)管理，保安则由私人武装组织TYGER Security负责，囚犯能在不企图越狱的前提下在设施内自由活动。
布鲁斯·韦恩(Bruce Wayne)召开记者会反对设立阿卡姆之城，不久被TYGER佣兵拘捕关进阿卡姆之城(雨果博士此时透露自己已知悉其蝙蝠侠身份并准备执行"第十号计划"(Protocol 10))。在管家阿尔弗雷德·潘尼沃斯(Alfred Pennyworth)协助下布鲁斯取得蝙蝠装成为蝙蝠侠，并在旧法院分别阻止双面人(Two-Face)及小丑(Joker)杀死猫女(Catwoman)。由于认为小丑了解第十号计划详情，蝙蝠侠追踪至西恩尼斯炼钢厂(Sionis Steel Mill)但遭伏击:受泰坦毒液(Titan)影响，小丑之血液出现了致命性突变，而蝙蝠侠于醒来后发现小丑不但已对自己进行了输血，也把带毒血液传送了至高谭市各医院。为获得解药，蝙蝠侠寻求急冻人(Mr. Freeze)协助。
蝙蝠侠于国家历史研究所(Cyprus Pinkney National History Institute)击败企鹅人(Penguin)与不死怪物所罗门·格兰迪(Solomon Grundy)后救出急冻人，但急冻人表示解药因缺乏一种复原性酵素而不具效力，蝙蝠侠认为忍者大师(Ra's al Ghul)之血液含有该酵素并能把解药完成。在追踪至忍者大师及其女儿泰莉亚(Talia)之地下盘据地后，蝙蝠侠击败忍者大师成功取得其血液。急冻人于高谭中央警署(Gotham Central Police Department)完成解药并以此威胁蝙蝠侠救出他被小丑劫持之妻子，蝙蝠侠于击败急冻人后却发现解药已被哈莉·奎茵(Harley Quinn)偷去。
蝙蝠侠返回炼钢厂后发现小丑已康复，而雨果博士于二人战斗中执行第十号计划:命令TYGER佣兵轰炸阿卡姆之城把囚犯消灭。蝙蝠侠被从天花板掉下之瓦砾压着无法脱身，泰莉亚此时现身阻止小丑杀死蝙蝠侠并以长生不死之秘密作为交换条件。蝙蝠侠其后由猫女救出并在阿尔弗莱德忠告下以阻止第十号计划为优先任务
