《爱丽丝学园》结局是：枣将蜜柑以前给他的那片小爱丽丝石还给了蜜柑，蜜柑恢复记忆了，小莹和昂依然接受惩罚只有少数人记得小莹和昂，蜜柑记起小莹和她的友谊，所以枣、流架和蜜柑踏上了寻找小莹和昂的道路。
蜜柑被软禁在迷宫栋，只有数人能够接触她，这样过了4个月后圣诞节那晚志贵放松了结界蜜柑与枣相见，Kiss，并誓言永远相爱。初等部校长取回被柚香从自己复制人身上夺走的爱丽丝后力量逐渐强大，他控制了身为自己克隆人的“Z”的首领将组织完全掌握在手中。
更是打算让“Z”完全占领学园，另一边玲生被派到学园里，他真正的任务是暗杀初等部校长夺回“Z”的首领。玲生的演唱会上鸣海突然出现试图杀死初等部校长，却不想他抓到的是冒牌货，初等部校长想利用蜜柑，蜜柑却在房间里看见了野蔷薇的灵魂。
为了救野蔷薇蜜柑打破的约定来到外面，一场追杀就此开始。经过苦战小泉月用吸魂爱丽丝控制了初等部校长并向所有人承诺会一直监禁着初等部校长直到他死亡。Persona为了赎罪拼死守护蜜柑并在骚乱结束后离开了学园。
濒死的枣则被萤等人带走，今井萤和她和哥哥今井昴为了救枣穿越时空，被反噬于时空中。最重要的一点是蜜柑失去了她所有的爱丽丝，在完全失去爱丽丝后，被告知将离开学院并清除有关学院的所有记忆。蜜柑失去记忆后回到爷爷身边，当地就读高中二年级。
已和两年后的枣等人相见，重新吸收了送给枣的橙色的爱丽丝之石，并恢复了记忆。最后就是和初等部校长的大乱斗。枣为了干掉初等部校长结果身上的能力暴走耗尽，而蜜柑多次使用无效化能力也几乎耗尽。
在最后为了使枣暴走的力量无效化和救回枣，蜜柑的爱丽丝能力完全消失，变回了一个普通人。为了救回枣，小萤和野田老师决定回到过去，可是破坏历史（过去）是要付出严重的代价，蜜柑变回了一个普通人，已经没有资格继续留在爱丽丝学园。
为了蜜柑离开学园的平静生活，学园校长决定消去蜜柑在爱丽丝学园时的所有记忆，小萤最后还是决定牺牲自己救回枣，于是枣复活了，小萤则不知道消失在哪个时空里。失去记忆的17岁的蜜柑重遇爱丽丝学园的一帮人，在枣的帮助下恢复了记忆，最后蜜柑、枣、流架和野田老师踏上了寻找小萤的旅程。
