故事是从一个叫做张小凡的普通少年开始的。机缘巧合，一位天音寺名为普智的高僧在临终前传授给他天音寺不外传的真法“大梵般若”，希望能在张小凡身上圆自己佛道双修，参透生死的梦。 后草庙村遭到血腥屠杀，全村42户人家，共247人，除了被普智所救的张小凡和林惊羽两个小孩，和一个叫王二叔的樵夫3人外，无一幸免。青云山上的青云门，见此惨案，不忍，于是收留他们3人。林惊羽天资聪慧，被"龙首峰"首座苍松道人收为徒。而张小凡资质愚钝，无人喜爱，在推让中，“大竹峰”首座田不易收其为徒。 入青云后，林惊羽修为神速，胸中一股傲气冲天，很快得苍松真传，并得赐“斩龙剑”。而张小凡因为天资愚钝，再加上他佛道双修，导致修真进度甚为缓慢，师傅和师兄弟对早已失去了希望，被安排在伙房做饭，不料却有一手好厨艺尚且值得称赞。田灵儿，田不易之女，是张小凡要好的玩伴，日久生情，张小凡一直在心底里暗恋田灵儿。可是，田灵儿没有看上资质愚钝的他，只是把他当作自己的弟弟来爱护，心中所倾慕的是"龙首峰"才貌双全的师兄齐昊。 在一次砍伐竹子的过程中，张小凡和田灵儿为了追逐一只三眼灵猴，而入青云山深处，无意间，张小凡以自己的精血将两个至邪之物嗜血珠和摄魂炼成一个法器，张小凡不知，只将其用来烧火，于是称之为烧火棍。 七脉会武 在之后青云内部一甲子一次的“七脉会武”中，张小凡以其出奇好的运气和"烧火棒"的邪气，竟然进入了前四名，达到水月指点雪琪修行了"大竹峰"历史以来最好成绩。在这次比武中，他邂逅了“小竹峰”中如冰雪寒霜般的师姐，陆雪琪。这是一场争夺前2的半决赛，双方势均力敌，在决定胜负的一击中本有胜算，但陆雪琪的眼神让张小凡想起暗恋的田灵儿，心中一片怅然，失去了求胜的斗志，一心软，反被陆雪琪以"神剑御雷真诀"引来的天雷击成重伤。而陆雪琪产生私情。 万蝠古窟 比武大会后，青云为了磨练弟子，派获胜的前四名到空桑山“万蝠古窟”中除妖。除妖过程艰险异常，张小凡拼死保护了陆雪琪而身受重伤，陆雪琪被张小凡那种为自己舍生忘死的行为所感动，在临坠入死灵渊时，陆雪琪没有去求生，反而为了救张小凡，一同坠入深渊。 在这次行动中，结识了魔教鬼王宗鬼王的女儿，碧瑶。在坠入深渊后，张小凡和陆雪琪走散，却与碧瑶一起被黑水玄蛇逼入了滴血洞，困在洞中很多天，这些日子中他们相依为命，产生了扯不断的情丝。在洞中，张小凡得到了天书的第一卷，而碧瑶则得到了金铃夫人的遗物-合欢铃。 黑石洞 脱困后，偶遇鬼王得知手中烧火棍的来历。后来到一个小镇，结识了“金刚门”门主“大力尊者”唯一传人石头，并为了帮小镇除妖，与其一同去黑石洞除狐妖。在入洞前，结识了青云子第13代传人周一仙和他的孙女小环。在洞底，却被三尾狐妖那种不能与君同生便与君同死的精神所感悟，在六尾白狐的要求下，张小凡将垂死的白狐和那自杀身亡的三尾狐妖一同投入岩浆中。六尾白狐临死前，将身上的“玄火鉴”赠予张小凡。 流波山 流波山一役，魔教大举占领流波山，正道中人断断续续来此阻击魔教。张小凡和田灵儿在山洞中无意听到魔教的企图是要得到亘古神兽——夔牛。之后，在正道中人阻止魔教活捉夔牛的过程中，张小凡为救田灵儿，在夔牛脚下被迫同时用除了青云门太极玄清道和天音寺的大梵般若。虽救了田灵儿，却因怀疑他偷学天音寺不传之秘，并且使用至邪兵器噬血珠，而遭到正道的指责。 青云突变 回青云山后，三大名门得道高人会审张小凡，可是张小凡却因为答应过普智，而宁死也不肯说出从哪里学得大梵般若。就在众人想要要惩治手持邪物，欺师叛教的张小凡时，不想，平时寡言的陆雪琪，却冒死站出来，为张小凡求情，并以性命为担保，令张小凡深为感动。 碧瑶撞剑而此时，魔教中人却趁机强攻青云山，青云门和伤亡惨重，为了挽回败局，道玄真人祭出诛仙剑，并且使出诛仙剑阵，使魔教惨败。在正道打败魔教，再次审问张小凡时，不想却由法相说出了一段骇人听闻的往事。想不到如父般慈爱的普智竟是张小凡苦寻多年的杀害全村的凶手。但是道玄没有想到，魔教并没有灰心，假装败退却由折返。青云门大骇，道玄真人不得已再次祭出诛仙宝剑，魔教再次败在了诛仙古剑的无比神威之下。碧瑶怂恿张小凡进入魔教，最后为了担心张小凡坠入魔教，道玄竟然再次动用诛仙剑阵，击杀张小凡。在危急关头，碧瑶为了心爱的张小凡，念出了痴情咒： 九幽阴灵，诸天神魔， 以我血躯，奉为牺牲。 三生七世，永堕阎罗， 只为情故，虽死不悔。 以一身精血，化为厉咒，弹开了张小凡，替他挡了诛仙剑阵，自己却魂飞魄散，永不超生。幸好有身上的合欢铃，将飞散的三魂七魄保留了一魂下来，但是即便如此，也无法复生了。张小凡受到了前所未有的打击，再也无法相信所谓的“正道”，叛离青云门，投入魔教鬼王宗的鬼王门下，改名为鬼厉。 叛投魔教 其后10年，鬼厉杀人无数，在魔教中，有血公子之称。从鬼王手中得到了天书第二卷，在佛、道、魔三教同修中，修为精进神速。林惊羽则偶然得到了藏身在祖师祠堂中的上代青云最出色的人物万剑一的教诲，修为也大有长进。而陆雪琪，竟以常人难以想象的全力刻苦修为，凭借天资聪慧和非人的刻苦竟达到了上清境界，进展速度仅稍逊于青叶祖师。可无人知晓，她在身体上所故意承受的磨难仅仅是为了减轻她心中那一份孽缘，相比而言，只怕是心中之苦更甚。 死泽 在死泽中，鬼厉与陆雪琪以性命相搏，只为道不同，却谁都不忍伤害对方。在和黑水玄蛇的战斗中，鬼厉在即将昏迷之际救了陆雪琪，一同进入了天地宝库，取得了天书第三卷，而小灰却喝了里面的神水，导致身上发生很大的变化。 南疆(焚香谷、天水寨、七里峒) 出来后鬼厉发现手下多人死于鱼人手里。于是，下南疆调查真相。在焚香谷中的玄火坛中，救了一只九尾白狐，后称其为小白。在天水寨，鬼厉再一次与陆雪琪相遇，咫尺却如天涯。在师门正道和爱情中苦苦挣扎的陆雪琪，显得无力。在明月下，最后的为鬼厉舞了一次剑，这是她十年来在“小竹峰”后山中夜幕下常舞的剑。剑虽舞完，情丝却无法斩断，陆雪琪伤心而去。 在小白的帮助下，到七里峒找到了苗族的大巫师，求他为碧瑶收魂。不巧当夜苗族遭到了黎族的攻击，黎族因为得到了兽妖帮助，而击败苗族，抢走了圣器黑杖和骨玉，并且重伤大巫师。大巫师承诺要救碧瑶，虽自知不久于人世，仍旧跟随鬼厉回狐岐山去救人。无奈，大巫师伤势过重，遂成功的将三魂七魄找回来，却没能给碧瑶还魂，而只能将三魂七魄收于合欢铃中后自己便离开了人世。 兽妖之灾 兽妖终于复活，因为心中有对巫女娘娘玲珑的情怨，而泄愤与世间苍生，发誓要杀尽一切生灵，于是指挥大量的妖兽攻击中土，势不可挡。鬼王成功利用妖兽将万毒门和合欢派尽数铲除，而自己也损耗了半数的弟子。 攻到青云山时，青云门联合焚香谷和天音寺，共同抗敌，可是对手发力太强。在危急时刻，道玄真人发挥出诛仙剑阵，可惜依旧无法杀伤兽妖。无奈之下，道玄真人开启了天机印，利用青云山的戾气，终于将兽妖击败，可惜诛仙剑却被打出了一道裂痕，而且由于开启了天机印导致戾气反噬，重伤了道玄真人。 在战斗中，鬼厉却被鬼先生引到了青云后山，要进入幻月洞府一探究竟。碰到了守在祖师祠堂的万剑一，在万剑一和鬼厉的打斗中，鬼先生偷袭万剑一，导致万剑一重伤，并被不知情的鬼厉所杀。进入幻月洞府后，林惊羽也赶来，发现师父被杀，万分悲痛，见鬼厉在场便质问鬼厉。鬼厉虽然明知是因为鬼先生的偷袭，自己才误杀了万剑一，但是万剑一确实死于自己之手，所以鬼厉没有更多辩解，而简单承认这是自己所为，兄弟反目成仇。远在前山的陆雪琪心有灵犀，隐隐感到所爱之人就在青云，跟着感觉在幻月洞府中看到了搏杀中的鬼厉，见鬼厉落入下风时，出手相救，挡住了林惊羽。此时，诛仙剑回洞府，鬼厉痛恨这把害死了碧瑶的诛仙剑，用摄魂将其击断。可是，诛仙剑戾气太重，比摄魂和嗜血珠还甚，反噬张小凡的精血。 天音寺 最后张小凡被天音寺方丈普泓上人扮成的黑衣人所救，在天音寺中养伤。普泓告诉张小凡普智的临终遗言，张小凡在普智的小屋中坐了一天后，原谅了他师父。普泓为了感化张小凡，而带他到天音寺镇寺之宝无字玉璧前，帮其消除胸中邪气，不想却引发"天刑厉雷"。在此期间，无字玉璧上闪现出天书的第四卷，张小凡将天书第四卷领悟。天刑厉雷劈下，无字玉璧似有所感，将天雷尽数引到自己身上，结果无字玉璧被毁，而张小凡无恙。 辞别天音寺后，鬼厉便前往南疆去斩杀兽妖，并试图取得灵兽饕餮。期间，野狗道人因为爱慕小环，而一直跟随着小环祖孙俩。在南行的过程中遇妖兽所袭，小环和周一仙被擒，野狗道人舍命相救，最后力竭，与最后一只妖兽死在了一起。小环为了感谢野狗道人的救命之恩，耗了自己20年的阳寿，施收魂术，将野狗道人的魂魄追回。可惜自己法力低微，险些丧命于招来的厉鬼中。鬼先生正好路过此地，见小环用出了失传多年的收魂术，心有不忍，出手救了小环，并收其为徒，教其鬼道法术。 玲珑与兽妖 黑巫族女巫玲珑，为了破解长生之谜，以巫法秘术，收化南疆这里的天地戾气，并从中提炼精华，造出兽神。因为兽神本体乃是禀天地戾气所生的，既然有了神识，自然便开始吸收周围戾气，渐渐强大起来，直至与玲珑道法不相上下。而兽神认为一身道法没有意义，并告诉玲珑自己只不过想和玲珑在一起，但玲珑不相信。一天，兽神不想一直待在那个屋子里，破解了玲珑的禁制，走了出来。由于兽神长相恐怖，引起平民的恐慌，激怒了兽神的戾气，不得已的杀死了无数黑巫族人。玲珑用巫法攻击兽神，兽神却能迅速恢复，但兽神还是逃到镇魔古洞。玲珑起初不愿追杀，但黑巫族人强烈要求下，正要追杀。但兽神却回来了，玲珑用八凶玄火法阵将其重伤，再次逃回古洞。玲珑带上七勇士来到镇魔古洞，孤身进入，并对兽神说出心意，并说出自己原先表示不相信的原因是，兽神是不死不灭，而自己会死。兽神因此愿化作人身，玲珑用自己肉体使兽神变成人身，并说只要五神器回到古洞，兽神就会复活，自己却化作洞口的雕像，镇住洞中妖兽。兽神复活后，迁怒于天下苍生，与毁灭天下苍生，再自尽，却在青云山上，被诛仙重创。最后与鬼厉决斗中，被八荒火龙焚灭。 义庄决战 鬼厉与陆雪琪战后，侥幸逃生，经过短暂的拥抱后，陆雪琪回到小竹峰。鬼厉带回饕餮，鬼王竟如疯狂一般，与鬼厉发雪琪鬼厉侥幸逃生后生斗法，幽姬呵斥二人愤然而去。那时道玄因诛仙反噬入魔，田不易来到祖师祠堂规劝，竟发生大战。苏茹来寻，二人竟双双失踪。水月告诉陆雪琪诛仙的秘密，和万剑一与道玄弑师真相，并让其下山寻找，并杀死道玄。周一仙等人在义庄遇上道玄，与其斗法，被封入棺材。而在另一处，上官策为寻找天火的秘密，追逐巫妖，直到河阳城外的义庄。巫妖为了躲避，钻入棺材，竟发现田不易也在其中，而且，自己也被棺材锁住。上官策施法躲开巫妖的阵法，却被一旁的小白偷袭，为了保命，跪下求饶，成功逃脱。小白救出周一仙等人，恰时陆雪琪赶到，救出田不易，巫妖把天火的秘密告诉小白，各自离开。田不易表示自己愿意帮陆雪琪，劝鬼厉回归，为她与鬼厉提亲。鬼厉在草庙村发现道玄正在收集鬼魂，追至义庄，遇上田不易，三人与道玄斗法。田不易竟被道玄控制，重伤鬼厉，陆雪琪为救鬼厉，杀死田不易，道玄猛然想起弑师往事，从戾气中惊醒，痛苦离去。田不易临死告知鬼厉，不要怪罪陆雪琪，让鬼厉把自己带回大竹峰，让鬼厉劝告苏茹节哀。鬼厉痛苦万分，又身负重伤，陆雪琪将他们送回大竹峰。并告知鬼厉诛仙的秘密，后由于苏茹后山自杀追随田不易而去。水月伤心万分，并告诉文敏让她叫宋大仁来提亲，并表示让陆雪琪去找鬼厉，若日后鬼厉原谅陆雪琪，自己帮陆雪琪担着教规，让陆雪琪与鬼厉成亲。鬼厉离开大竹峰，找到周一仙，被周一仙点拨，随周一仙行走多日。 大结局修罗浩劫 鬼厉从周一仙处得知乾坤轮回盘可能会救回碧瑶，于是便从天音寺普德高僧手中借出乾坤轮回盘，但就是普德高僧揣摩数十年也不知怎样使用此盘，鬼厉在寒冰密室不但没救回碧瑶，反而被鬼先生骗去此盘解开了四灵血阵的乾坤锁使鬼王成功拥有了修罗之力！而碧瑶和合欢铃也在四灵血阵造成的混乱中失踪，鬼厉心灰意冷整日躺在在草庙村萎靡不振，后在陆雪琪的呵护以及小白的打骂下重新振作，并在古剑诛仙的召唤下来到幻月洞府成为诛仙剑的新主人且同时习得天书第五卷，关键时刻杀死了拥有修罗之力的鬼王，挽救世间百姓，后来隐居在草庙村再一次与陆雪琪相遇，全书到此结束！
