主人公秦牧幼时被一女尸沐萍托举至涌江边并被司婆婆捡到，遂被收养。本凡体，但被村长骗为霸体。
他走出大墟之后，成为天魔教教主。随武可汗入黄金圣宫，一个人打遍圣宫无敌手。在延康国的叛乱之战中引魔神下界，掀起浩荡风云。助国师平叛、入京城斩杀皇太子。后成为新一代人皇。机缘巧合下遇到了生父，揭开了自己开皇帝族遗孤的身份，得成神法门，开启了新的道法神通改革的大世。
后来被初祖人皇刺激，进入太皇天。后因其兄秦凤青破封，大闹佛界、悬空界；和初祖人皇等人一起带领诸神逃出毁灭的太皇天，入天阴界复活天阴娘娘；回百万年前，大闹天庭；于幽都见其母，与秦凤青合体在玉锁关大战幽都诸神；元界解封，见地母元君。
昊天尊下界为斩杀地母元君，延康遭到连累，秦牧因此不得不帮助古神天帝、地母元君复活，一人对抗天庭的四位大帝时，舍弃自己的第三只眼，变作没有魂魄的人，后开天辟地赋神魂，获得新生。去往天庭引发瑶池事件，被派遣到太虚之中，意外成为造物主一族的圣婴，并因此促成造物主一族和无忧乡的和解。
因南帝坠落，秦牧决定乘鬼船穿梭历史，他回到龙汉时代，寻到造物主的祖庭，留下造物主一族的三个预言；盗走昭阳殿的诸多异宝以及太始神卵；云天尊暗算太帝后，他守护霄汉天庭不被大鸿所害；天庭上升后，他托举天河，隔着鬼船与云天尊相见。因祖庭封印松动，同八位天尊一同进入祖庭，占据十万大黑山作为领地，见到太易。
十天尊召开天盟盛会，欲斩杀天公，玄都战时，秦牧同屠夫等人一同参战，在天公死后复活天公。后因太易沦落，史前成道者偷渡过来，导致瘸子牺牲，秦牧受到刺激，炼制劫剑后只身赴玉京，见弥罗宫主人，得知自己七公子的身份。
离开弥罗宫后，他救回凌、云两位天尊，与昊天尊等人联手斩杀太帝，随后幽都之战爆发，因开皇秦业战死而败，秦牧只得投降昊天尊，但却在暗中累积力量，后来天庭与延康的战争终于再次爆发，延康最终得胜，但敌人却变成了更为强大的弥罗宫。
秦牧封印祖庭，镇守祖庭三十五亿年，在三公子凌霄战死之后，自己回到第一纪宇宙破灭劫时，历经十六宇宙纪终于混沌成道。成道后受弥罗宫主人提点返回第一纪宇宙创生劫寻找解决终极冷寂的方法。在第十七纪历经八千亿年即将进入终极冷寂时，他终于找到解决终极冷寂的方法回到了第十七纪。
