明朝，万历年间。 侠盗楚留香为拯救灾民，受人雇佣，来到云来客栈盗取“天下第一美女”鱼尺素的心，不想却被鱼尺素的经历感动，决定放弃一切，就在这时，云开客栈一众人忽然死于“天一神水”之下，而神水宫的宫南燕更是一口咬定是楚留香盗取了他们的“天一神水”。 无奈的楚留香只好着手调查，路上邂逅了一心替父报仇的苏蓉蓉，二人打打闹闹，闹出不少笑话，经过重重难关，留香意外地发现这件事居然跟挚交好友妙僧无花及丐帮帮主李红袖有关，原来当年无花与李红袖之父天枫十四郎来中原习武，被人拒之门外，痛苦之下，混于各门之间，偷学武功，而后又与各大门派决斗，最终死于丐帮任慈和少林方丈天峰之手，任慈和天峰不知天枫十四郎在跟他交手前已跟别人交手，十分后悔。 天枫十四郎义女石观音为了报复任慈，将无花和红袖送往少林和丐帮抚养，后双双继承衣钵，为父报仇。 红袖表面是男儿生，实际却是女子，她对留香一片深情，却始终纠缠在兄长和留香之间，左右为难，最终无花饮毒自尽，红袖远去，独留留香一人惆怅…… 留香视为妹妹的宋甜儿，因为留香和红袖的一段过去而吃醋出走，蓉蓉怕她有危险紧跟其后，不想却被人贩子抓走，留香前往相救，人贩子没抓到，却救下了孤女琳琅，三人一路进入大沙漠，没想到他乡遇故知，居然让留香碰见了童年的好朋友胡铁花，并且纠缠进了龟兹国和石观音的斗争之中。 可爱的琳琅唤起了楚留香沉睡的爱意，可是她忽然失踪了，等她再出现时，她已成了龟兹国的王妃，而更令留香意外的是，蓉蓉居然是龟兹国的琵琶公主，而她的失踪，只是因为国家有难，迅速赶回。 爱也难，恨也难，就当留香冲冠一怒为红颜，准备拼死带走琳琅时，他忽然发现，她就是传说中的石观音，她来只是因为想颠覆龟兹国，而且无花没有死，他摇身一变成了叛军的首领，正准备协助石观音，背水一战。 情和义留香必须选择，所以当石观音来的时候，他给了她一掌，他不知道那一刻石观音已被他的爱感动，准备舍弃一切，跟他远走，他那一掌打碎了一切，石观音一夜白发，更加残酷，直到留香把剑刺入了她的咽喉，她——落泪了…… 狼狈失败的无花，被妄图利用石观音事件在龟兹国表功的柳无眉挑断了手筋脚筋，爬出大沙漠，结果被一个女人救了去…… 而柳无眉的精妙计策也被楚留香一眼看穿而迅速逃走…… 几人走出沙漠，感慨万千。 留香经石观音一役，暗自神伤，而此时江湖再起风云，八大门派因不满神水宫偏居一方，欲群起而攻之，留香受邀，甜儿觉得这是一个忘掉过去烦恼的好机会，可是留香却觉得神水宫一向无大过，没必要大动干戈。 而此时，在沙漠中受挫的柳无眉夫妇匆匆加入到八大门派当中，无眉料定此战八大门派必胜，想替丈夫混个名声，没想到水母阴姬早有准备，不但将八大门派全部击退，还将船掀翻，要众人自生自灭，求生的木板只有一块，无眉为了活命，将丈夫玉涵一把推进了深海之中。 此战不但八大门派受挫，阴姬自己也受了重伤，她知道自己命不久矣，怕神水宫无人庇佑，欲找大弟子宫南燕传授神功，没想到在关键时刻居然发现宫南燕与人有染，阴姬虽不忍杀她，亦不想她接手神水宫，此时凤姑提醒她，她还有一个女儿在世上，这些话恰巧被飘到岸上的无眉听到了。 宫南燕将废除武功的无花藏在山洞，渴望一生一世照顾他，可是无花却野心未灭鼓励她去杀阴姬，南燕经不住他一再怂恿决定动手，可是最后还是战胜不了感情这一关，撒手而去，结果和无眉狭路相逢。 南燕将无眉抓到无花面前，无花恨她废了自己的武功，要杀她，无眉把阴姬找女儿的事告诉二人，并表示自己可以冒充她的女儿，无花觉得这是个好机会，要南燕跟凤姑去追查，探听阴姬女儿有何特征。 晚上，无眉来到无花床前，向他述说爱恋，原来她从小就喜欢无花，只恨无花眼里从来没有自己，所以她才会废了他的武功，所以她才会嫁一个跟无花长得三分像的玉涵，无花忽然感觉到眼前的小妹妹已经长大。 留香执意不肯与八大门派为伍令甜儿十分生气，她抓了铁花一起，准备冒充留香替他扬名立万，没想到在途中遇见了凤姑和南燕的大战，凤姑临死前将信物交给甜儿，要甜儿帮着去找阴姬的女儿。 甜儿觉得攻破神水宫太难的，这是唯一一个突破口，于是便假装阴姬的女儿，前往神水宫，南燕欲除之而后快，却被另一宫女彩雀强先一步将甜儿和铁花迎入神水宫。 阴姬得见甜儿，宠爱有加，甜儿屡次想要灭神水宫，都因为阴姬的爱而放弃，无眉希望落空，气急败坏，不断地给南燕出主意，对付甜儿，一时纷争不断。 留香和蓉蓉得知甜儿被神水宫抓去，大急，匆匆赶往神水宫，没想到就在这时，甜儿中了无眉的圈套，自乱阵脚，被阴姬发现了她的身份，将她关押。 无花觉得这是个好机会，要无眉冒充阴姬之女，无眉表示，得到了神水宫你有宫南燕，而我却一无所有，无花听了无言以对，第二天，无眉就离开了，她要逼无花杀南燕。 无花想杀南燕保无眉，可是南燕的柔情和爱一再地牵绊着他，让他下不了手。 无眉久等无花的讯息不得，十分难过，一个人又无所依靠，只要在酒楼里以跳舞为生。 南燕忽然怀孕，阴姬要她招出奸夫，南燕死也不从，被阴姬关押。 留香和蓉蓉来救甜儿，被指为奸夫，阴姬与留香大战，打成平手，留香答应要帮阴姬查出谁是她女儿。 留香和蓉蓉就着一点点线索慢慢查看，被无眉发现，无眉在市井饱受欺负，杀了不少人，已经引起官府的注意，留香的到来正好给了她一个机会，她布了个局，让留香和蓉蓉认为她改邪归正了，并故意露出假做的胎记，让蓉蓉误认她是阴姬的女儿。 无眉与阴姬相认，留香、蓉蓉、铁花、甜儿终于相逢，不想甜儿记起凤姑临死前的话，发现无眉的破绽，而此时，无眉也准备将所有的人都灭口。 留香等人九死一生，逃出神水宫，继续追查整件事，居然意外地发现阴姬跟留香的身世有关。 另一边，无眉不断地讨好阴姬，阴姬也将武功传授，可是二人间总是隔着些什么，无花催促无眉杀阴姬，无眉却反而要无花先杀南燕。 无花假装送饭的宫女，企图游说南燕自杀，可是却禁不起南燕的款款深情，反而要她好好活着，等待机会，无眉听到一切，心里十分难过，几次想杀无花，可最后还是下不了手，她抱着无花流着眼泪告诉他，我宁愿你就这么骗骗我，一辈子这么骗骗我，无花无语。 留香追查到当年的灭门血案以及阴姬过去的故事，隐隐觉得她就是自己的杀母仇人，他迫不及待地要杀她报仇，于是和蓉蓉等人匆匆往回赶。 无眉觉得阴姬传她的武功令她走火入魔，不明白为什么，阴姬笑着表示，她早知道她是冒充的，所以故意引她入局，无眉不明白自己哪里露了破绽，阴姬告诉她，自己当年生的孩子是个男孩，凤姑怕她讨厌男孩，所以故意说是女孩，凤姑走之前，已经留下遗书将此事告之了。 无眉大骇，而此时，彩雀也将无花和南燕押来，刺瞎了无花的眼睛，刺聋了他的耳朵，要他在二女之间选择一个杀掉，无花不知该走向谁，无眉长叹一声，自己跳进了万丈深渊。 留香来，责问阴姬，阴姬直认不讳，二人大战，阴姬输了，留香欲杀她，忽然发现她口中念的诗曾在童年的记忆里出现，阴姬道出，原来她就是留香的母亲。 母子相认，格外亲热。 阴姬病危，留香答应替她永远照顾神水宫，可是在葬礼上，蓉蓉无意中发现阴姬的手上有一点守宫砂，她从来都没跟任何男人有过肌肤之亲。 原来一切都是阴姬的阴谋，她只是想要留香来替她守住神水宫，说还是不说？蓉蓉为难了，说吧，等于毁掉了留香好不容易得来的亲情，不说又欺骗了留香…… 山谷里，南燕默默地照顾着无花，无花一直以为身边的人是无眉，因为他觉得无眉生还的机会比较大，在某一天的一个下午，他终于忍不住告诉她，他心里其实一直在想南燕，他不知道他以为的无眉其实就是南燕，一句“爱”字听得南燕泪流满面。 蓉蓉为难中，留香自己说出了一切，原来他也早知道了答案，只是为了让一个老人去得安心，所以才隐瞒了一切。 歌舞声中，甜儿当上了神水宫的宫主，她和铁花成了一对欢喜冤家。 留香牵着马继续游剑江湖，蓉蓉跑过来问他，是不是准备好要爱自己了？ 留香摸摸鼻子笑着说，好像刚刚开始了……
