东汉末年，镇压黄巾起义之后，群雄割据，军阀混战。淮南袁术妄自称帝。汉献帝派皇叔刘备前去讨伐。丞相曹操让亲信朱灵和路昭作为监军随同出征。刘备带领关羽和张飞与朱灵路昭一起杀奔袁术的老巢——徐州东北的洞窟。在迂回的山路中，与袁术部下纪灵遭遇，刘备军发动总攻击，将他们一举全歼。刘备军继续前进，在洞窟附近又击败了袁胤。刘备军深入洞窟，追击企图逃走的袁术，刘备军且战且养，恢复兵力，经过一次次的攻击，终了消灭了袁术。
刘备军凯旋来到徐州，朱灵路昭辞别刘备回都城向曹操报捷去了。城中陈登提醒刘备，刘备等人密谋曹操的计刎泄露了，曾在血书上签字的其他几人都惨遭杀戮、徐州人守车胄已奉曹操之命，伺机杀害刘备。突然，车胄来袭，刘备军奋力自卫还击。杀了车胄。这时，陈登又建议刘备让城北郑玄——袁绍的老师作中介投奔袁绍。 刘备军刚一出城，就遭到了曹操的围攻。惊慌之中，刘备军向河北方向杀开一条血路。突然他发现关羽和张飞失散了，只有陈登紧随其后。他们二人只好去找郑玄，途中听人劝告在郑玄茅庐南面的洞窟里取得了地图（ちず）。二人请郑玄写了一封引荐信（ェンショゥヘのこがみ）就来到了河北。
袁绍一见刘备，就怒不可遏，定要为弟弟袁术报仇，但看了郑玄的信，马上转怒为喜，决定和刘备联起于来，对付他们共同的敌人——曹操。袁绍当即请刘备和河北名将颜良一起出兵白马坡，与曹操决一死战。 他们从渡口乘船出发，要经过洛阳城上方的三个要塞。他们很快突破了由魏续把守的第一个要塞，但第二个要塞由曹操的亲信名将乐进等人把守。他们先回冀州恢复兵力，然后挥师杀回，颜良势如破竹，很快突破了第二个要塞，一鼓作气直逼曹军的大本营。突然曾军中出现一位手持青龙僵月刀的将军挡在刘备军的前面，不到一个回合，斩颜良于马下。刘备军见势不妙，撤回冀州。袁绍又急令文丑出征，但也被刀斩了。袁绍连折二将，损失巨大，经打听，才知诛颜良斩文丑的将军原来刘备的义弟关羽，于是逼刘备派出密使，招降关羽。 密使来到宛城，见到了迫不得已假降曹操的关羽。关羽辞别了曹营，保着刘备夫人（可从刘备夫人手中得到赤兔马せきとぱ装备后移动力快一倍），向冀州奔来。
天色已晚，关羽一行向路旁一户人家借宿。次日早晨辞别时，主人给他们一封信（コハソヘのこがみ），请他们转交给正在荣阳太守王植手下当差的儿子胡班。
前往冀州的路上，共有五道关卡，必须由关羽一人突破，关羽只好自任军师。现在不能恢复兵力，因此要尽量减少伤亡，并且，只有一点策略值，所以要谨慎行事。 关羽一行过东岭关斩了孔秀，到洛阳杀了韩福，接着来到汜水关，太守卞喜假意宴请，却暗藏伏兵，关羽识别他的诡计，劈卞喜于酒席宴上。关羽来到荣阳关，太守王植将他们安排在驿馆，经胡班的搭救，才免遭王植毒手，没被火烧。关羽杀了王植，连夜赶奔洛阳，在洛阳完成了装备，买了恢复的道具，继续向滑州前进。在滑州杀了曹将秦琪，渡过黄河来到冀州。这时，夏侯谆赶来，定要为秦琪报仇，多亏张辽及时赶来解劝，才免了一场厮杀。
关羽一行继续前进，到达北村，应村民之邀，在北山收伏了周仓，回到北村，又经村民指点，在东面的古城意外地见到了义弟张飞，关羽斩了随后赶来为外甥秦琪报仇的蔡阳，兄弟间消除了误会。张飞和慕刘备而来的赵云一起加入了关羽的阵容。关羽一行继续奔往冀州，途中收下关平，并给他买了装备。 刘备得知关羽的消息，借口要结盟荆州的刘表，辞别了袁绍，中途摆脱了袁绍部下郭图和田丰的阻击，在关平家，兄弟重逢。身无立锥之地的刘备军，经商议决定，为消灭曹操，兴复汉室，他们必须联合刘表。于是刘备军一路朝荆州走去。
第二幕 初出茅庐
星转月移，时光流逝，中国的势力版图又发生了很大的变化。曹操灭了袁绍，统一了北方，正加紧操练人马，妄想称霸天下。能和曹操抗衡的只有东吴的孙权和荆州的刘备了。
这一天，荆州发生了叛乱，刘备军应病中刘表之邀，剿灭了城东叛军黄邵，休整后又打败了邻村的叛军何义。紧接着又不慌不忙的逐个消灭了叛军龚都和刘辟。战斗结束后，刘备军打听到两个情报，一个是自伐董卓以来就下落不明的吕布还活着，一个是在村子的北面住着一位贤者卧龙先生。
刘备军凯旋回到荆州，刘表非常高兴，作为报答，把荆州城北的新野城送给刘备，刘备军企图努力建设好新野。一天，刘备又听说了卧龙的消息，茫然不知所措，正想走出城外，刘表的长子刘琦来告知父亲病情恶化。刘备急忙赶往荆州，刘表以后事相托。可是，刘表的妻弟蔡瑁却处心积虑地要除掉刘备。幸亏伊籍告密，才免遭毒手。刘备通过荆州的地道来到西边司马徽的草庐，司马徽向刘备推荐了卧龙和凤雏两位贤者，并告知了卧龙的住所。干是，刘备从村子往北来到一棵树前的茅庐里，但卧龙诸葛亮外出未归，只有弟弟诸葛均在家。求贤若渴的刘备悒悒不乐地回到了新野。
突然，伊籍前来告知，曹操派吕旷、吕翔领兵一万正朝新野进发，并建议在新野西南的博望坡御敌。刘备军赶到新野，从宝箱中取出道具和金钱，一举歼灭了曹军，回到新野。
刚一入宫，诸葛均前来告知，他哥哥诸葛孔明昨夜回来了。刘备急忙赶往孔明的茅庐，正赶孔明午睡，刘备一直等他醒来，孔明感于刘备的三顾之请，决定出山，辅佐刘备。
第三幕 赤壁大战
刘备在新野接到探报：曹操领兵直逼荆州而来。刘备急忙向孔明问计。孔明建议在博望坡迎敌曹军的主力部队曹仁。于是派关羽和张飞等埋伏在博望坡的背后，自己和赵云一起为前锋。刘备把新野城交给陈登继续建设。刘备军离开新野和曹军发生了激烈的冲突，孔明和赵云正面攻击曹军，不久，敌军背后起火，烧得曹军四散奔逃，紧接着，关羽，张飞和周仓关平三支援军一齐赶到，曹军10万损失殆尽。曹仁急忙领着残后败将败退下去。
刘备军凯旋回到新野。刘备对孔明深表敬意。就在此时，荆州来人说，刘表病危。刘备听后大惊失色。留下孔明守城。自己急匆匆赶回荆州。这时，蔡瑁报告说曹操来统大军直奔荆州而来。刘表托孤刘琦给刘备后就断了气。刘备不想回新野准备迎敌，但蔡瑁却有意投降曹操。刘备迫不得已赶回新野。孔明建议刘备占领荆州，御敌曹操。但刘备不忍心行不仁不义之事。孔明只好建议放弃新野，投奔江夏。刘备军来到江夏和刘琦一起抵抗曹操。面对蔡瑁的投降阴谋，体弱多病的刘琦请求刘备代作荆州太守。刘备答应了他的请求。从此，刘备不再参加战斗军队全由孔明指挥。 孔明决定联吴抗曹，但东吴使者鲁肃下落不明。孔明派人四处查找，得知鲁肃被囚禁在新野城中。孔明于是集合队伍朝新野而去。新野由蔡瑁之任蔡谨把守，其手下蒯越诡计多端，且人多势众。孔明终于打败了蔡瑾，进入城中，救了鲁肃，回到江夏城中，鲁肃建议孔明去见吴主孙权，但船只全被荆州的蔡中控制了。于是，孔明又攻打荆州，得到了一只小船。刘备军从江夏渡过南方的渡口，到达柴桑。在孔明的倡议下，和孙权联盟。
孔明在鲁肃的引荐下，拜见了孙权。孙权列出了目前的三个困难。其一是如何除掉曹操的水军都督蔡瑁，其二是想火烧曹营却缺少东南风。其三是缺少100万支箭。请孔明解决。
孔明听说有人能借东南风，经柴桑城东一个小村的长老的指点，孔明从柴桑城西码头出发一直向东到了一座小岛——倭国。前往北方的圣山，用火计或落石计消灭了山上的大蛇，来到山上，见到了能操纵风向的国王日巫女。她一直被大蛇阻在山上。为了酬谢孔明的救命之恩，送给孔明操纵风向的秘法书（ひほぅのしょ）。
孔明一行回到柴桑，准备进攻襄阳，除掉蔡倡，获取 100万支箭。一天离开皇宫在城内漫步的刘备军，遇到了一个老人，经他指点，要消除堵在前往襄阳的路上的岩山，必须制造火药，但所需硝石和老树枝在柴桑东北的山洞中，路途遥远。孔明提高水平，耐心找到了洞窟，洞里没有宝箱，孔明使用伸缩计，发现了硝石（しょぅせき），马上离开。然后，在老人上方的一棵老树下找到了老树枝（ちぅぱくのぇだ）。老人接过老树枝和硝石之后，制出火药（かゃく）。孔明用火药作开了堵在前路上的岩石，赶到襄阳和蔡瑁展开激战；在战斗中，孔明布下白马阵攻击蔡瑁和张允，另施策略减少文骋的士兵，孔明终于除掉了作恶多端的蔡瑁，在城中找到了100万支箭（ひゃくまんのゃ）。
孔明回到柴桑向孙权报告。孙权又提出一个新的问题，那就是要使火攻奏效，先必须找人使连环计，说服曹操将战船拴在一起。孔明一行又经司马徽的指点，通过柴桑城东南的湖泊找到了庞统，庞统欣然接受了任务，连环计成功了。和曹军决战的时刻到了，孙刘联军士气高昂，孔明使用日巫女的秘法书，借来了东南风。吴军发起火攻，其势锐不可挡，杀得曹操等拼命向后方逃亡。 赤壁火起，孔明也调兵遣将，追赶逃亡的曹军，遣憾的是，关羽在华容道放走了曹操。
第四幕 平定荆州
赤壁一战，曹军元气大伤。孔明接到报告，曹操留下曹仁等人把守荆州，襄阳，夷陵和南郡，自己退回都城去了，刘备军为了巩固势力，决定平定混乱的荆州。刘备将此任全权托负给了孔明
孔明整军向荆州进发，在城中向人打听得知曹仁打败了吴军都督周瑜，固守城中，为了方便士兵自由进出，制造了兵符。孔明花了500元买通城中的一个灵通人士，得知兵符在守备荆州的陈矫那里。于是，孔明向北攻下荆州，打倒陈矫后，在宫殿的王座前找到了兵符及攻略。接着，孔明率军前往襄阳，路过新野，收纳了伊籍。孔明借助兵符进入襄阳城中，打倒了夏侯淳。搜集情报后，从西南方的襄阳码头，前往荆州南部的夷陵。途中，不断训练兵力，如果兵力日渐减少，就搭船返回襄阳。孔明用兵符进人夷陵，遭到了曹昂的抵抗，孔明设法削减敌兵的士兵。将他们一举全歼。进城后又一次听到了吕布的消息。孔明让士兵投宿恢复体力后，攻打南郡的曹仁和曹洪，孔明使用减策计及其他攻击战术对付曹洪的鱼鳞阵，曹仁曹洪向樊城逃去，途中遭吕布伏击，不敌身亡，樊城落人吕布之手。刘备军攻打樊城，在吕布的激烈攻击下，败回南郡。孔明苦思良策，漫步在城中。在东北居民家意外地发现了庞统。庞统送给孔明一个锦囊妙计。刘备军返回樊城，依计击败了吕布。 孔明在伊籍的引荐下，见到了东面洞窟里的贤者马良马谡兄弟。他们建议，要平定荆州全境，必须攻取荆州南部的零陵，桂阳，武陵和长沙四郡。于是，刘备军打败了零陵城的刘度（对于敌人的业火计，千万不要有鱼鳞阵）。在零陵城恢复兵力后，绕到山南的一个村子里，收集了一些情报，接着挺进桂阳，打败了守将鲍龙和陈应。桂阳太守赵苑假降，诱孔明入宫，专想加害。危急关头，目布砍倒赵范，救了孔明吕布自愿为孔明留守桂阳。孔明向西进军武陵，久攻不下。这时，听说敌将巩志有意投降，于是刘备军穿过一片森林，来到四面的海边劝降巩志。巩志诱杀了太守金旋，献出了武陵城。刘备军向西攻取长沙。城前黄忠点关羽出阵，二人酣战之际，黄忠听到鸣金退回城中。刘备军杀入城中，打败了太守韩文。魏廷投降，黄忠要求只有得到韩玄喜爱的养由弓陪葬旧主后，才投降。于是，刘备军在西面的洞窟的双层地道中找到了养由弓。黄忠加入了刘备军。 平定了荆州南部，刘备军来到马良的茅庐。这时，听说留守桂阳的吕布反叛了。刘备军又返回桂阳，使用集中攻击法，击溃了吕布。吕布纠集一批残兵败将，逃向零陵。在零陵北面的一处要塞阻击刘备军，刘备军一举攻下要塞。吕布逃到零陵，负隅顽抗，刘备军终于消灭了反复无常的吕布！
平定了荆州南部，刘备军凯旋回到新野。新野已在陈登的指挥下建设成为一座大城。刘备从江夏赶到新野，嘉奖三军。马良马谡兄弟也加入了刘备军。从此，刘备终丁第一次有了属于自己的地盘。
第五幕 西征巴蜀
为了重建因战乱荒废的荆州。孔明要暂时脱离队伍，必须找一位能代替自己的军师。一天，孔明正与刘备在宫中谈话。水镜先生派人前来，说有要事相告。孔明忽然想起凤雏先生庞统，或许水镜先生与此事有关，果然，司马徽一见孔明，就告诉他庞统来到了新野南面的襄阳城。孔明带上酒，到了襄阳，打败了强盗廖化，救出了凤雏先生庞统。
孔明回到新野，把庞统引荐给刘备。正在此时，西蜀的张松被曹操轰到了这里。张松极力劝说刘备人蜀，攻打刘璋，并给好友孟达写了一封信，让刘备军持信到襄阳西北的洞窟里找孟达，取得了西蜀地图。张松又说服刘璋派自己的好友法工邀请刘备军人蜀。机不可失。于是，孔明提议，让关羽，赵云留守荆州，由庞统任军师，张飞为大将出兵西蜀。
刘备军从襄阳的码头乘船，会合法工，一起赶到涪水城。刘璋请求刘备军去攻打霞萌关的汉中军马超。马超是马腾之子，马腾是和刘备一起参与谋杀曹操并在血诏书上签字的七人之一，后来惨遭曹操杀害。刘备军辞别了刘障，打听到马超正想投奔有实力灭掉曹操为父报仇的名主。刘备军往东北过桥找到了被刘璋放逐的李恢，他与马腾有旧。李恢提出只有拿着血诏书才能说服马超投降。于是，刘备军到景帝的墓中找到了血诏。（在景帝墓，有三层地道，在第二层地道，要向东走到第三个路口，向北走到第三个路口，向西走到第三个路口，然后向北经过四个语口才能找到血诏书。然后在第三层地道里，有些路口放着一些太极仪凡是水平经过就逆时针转向，垂直经过就顺时针转向。出口在右 上角。）李恢持血诏游说马超。但马超还想试一试刘备的实力，两军在霞萌关前一场激战，马超和堂弟马岱总算尝到了刘备军的厉害，乖乖地投了降。
刘备军为平定汉中，继续北上来到阳平关。运用策略减少敌兵，打败了杨昂等人。然后，通过栈道进入南郑。栈道险峻，因此在栈道中极力避免战斗，尤其不要使用策略。走出栈道，最好使用野营道具，刘备军在南郑关，打败了庞德。在旅店恢复兵力之后，刘备军来到汉中，托王平贿赂杨松，打开城门，和张鲁展开一场决战。敌人的智力和武力都很高，策略也很强。如果要布鱼鳞阵，就注意敌人的策略，并尽快地恢复兵力应战。刘备军击败了张鲁。涪水城刘璋派人来请，刘备军回到涪水城，才知中了杨怀的奸计。刘备军击败了杨怀，决定向成都进军。刘备军先到北面的茅庐里从庞义手中拿到涪水水门的青铜钥匙。继续向北来到涪水堤防，打败在此防守的冷苞等三人。（注意在战斗中，由于敌将张肃会使击免计，降低策略的成功率，因此，很难使用策略减少敌兵数）。然后用青铜钥匙打开堤防中房内右边的水门控制问，湖泊消失，刘备军又重返洁水恢复兵力，进军落凤坡，道张任等四将的伏击，庞统不幸中箭牺牲，张飞等人好不容易败回涪水，抵抗张任的追击。在此紧急关头，孔明从荆州救援来了。一把大火，烧得张任四下逃亡。孔明、关羽、赵云和刘备等人合兵一处。于是，由五虎大将关羽、张飞、赵云、黄忠、马超，外加军师孔明组成的强大的刘备军，从涪水东南的码头乘船，向南抵达巴城，攻打严颜。孔明使用击免计减少敌军兵力的策略，再集中攻击，严颜投降。刘备军接着向西攻打巴关的刘巴等三人，战斗中，刘备军见势不妙，马上撤退，捉住一个纵火的土兵，才免了一场火劫，终于打败了刘巴。（请注意，这里有一个提高水平的超级秘技，其法是，战斗胜利后，士兵还会出来，这时，一直按住连发键A，会出现好几次战斗，在战斗中能反复打倒马上又会复活的士兵，以提高水平。这里出来的士兵都相当弱，打倒后，能领到约3000的经验值。）接着刘备军挺进建宁，但久攻不下，刘备军从西南的陈家庄获取情报，攻占了敌军的屯粮山，向北到达一座要塞，击败守将雷同，并在要塞中找到了银仙石。紧接着，刘备军又用鱼鳞阵败了建宁守敌吕凯等人，雷同投降，刘备军继续前进来到越隽城。先到建宁城北的蒋家村拜访了越隽太守的朋友蒋琬，然后，刘备军通过蒋家村西南的洞窟，在西面山中的某间小屋里用策略和集中攻击法击倒敌将高沛，救出了蒋琬的母亲。蒋琬感于刘备军的救母大恩，站在阵前（别忘了装备武器和防具），凭关系赚开了城门，敌将吴懿倒戈。刘备军占领了越隽城。刘备军马不停蹄，准备攻打成都的卫城绵竹关。孔明依一长老之计，从越隽北面洞窟中的柴虚上人手中拿到了火药壶，到北面的洞窟纵火。烧得绵竹关守敌张任逃往雏城。刘备军追到雏城，张任又逃往金雁桥，在金雁桥一战孔明把有实力的武将列于阵前，击败了张任。刘备军直逼成都，使用鱼鳞阵，打败了刘璋，刘备军终于占领了成都，从而拥了巴蜀全境。
第六幕 北伐中原
占领巴蜀后，孔明接着深报，曹操来攻汉中。刘备军决定主落凤坡过培水，向汉中进发。在阳平关打败了夏候尚，在南郑关打败了张凯。恢复体力后，有逼汉中城下，智败夏候渊。这时孔明得到消息，曹操莫汉，自己作了皇帝。于是孔明建议刘备秉承汉统即皇帝位。然后 命关羽，张飞守成都和新野。由他们的儿子关兴，张苞加入刘备军，举兵北伐。
刘备军由成都向东，打败了夏侯懋，突破魏蜀交界的凤鸣塞。挥师向南，智取了由曹操之侄曹休把守的南安城。在城内打听到了姜维和华佗的消息。于是兵临安定以减少敌人士兵数量的策略，打败了曹纯，见到了病在城中的姜维的母亲。为见姜维，孔明攻打天水，但被火攻围困，危急关头，为吉平所救。听吉平介绍姜维的情况后，孔明派人从南安请来华伦治好了姜母的病，两军阵前，收服了姜维。孔明让姜纵代替自己作军师，自己暂时退居二线着手开发长年思考的新武器。
刘备军攻下天水城。得知前往街亭必须坐船，但坐船必须有渡航书。于是，刘备军先到陈仓，打败郝昭和华歆后（要注意他们的寂静阵）。取得了渡航书，又打败了看守码头的辛毗，从街亭的码头坐船，穿过曲折的山谷。到达了街亭的要塞，击溃了曹真。在塞中收集情报，得知孔明发明的武器已获成功。于是，刘备军奋力突围撤回天水。孔明回归队伍，再度攻取街亭，击败了曹真等人。在这次战斗中，孔明发明的连弩发挥了巨大威力，然后，孔明一面警防司马懿撤退，一面向东面的斜谷进发，经过高老庄，得知曹军正在收集硫磺和火药。刘备军智胜曹彰后，直奔曹军军需重地鲁城。（在攻鲁城时，最好预先作记录，以防万一）和曹军的主力展开决战，战斗时，对曹军智力低的武将施计以减少其兵力，曹操见势不妙，弃城逃往葫芦谷。刘备军从斜谷的洞窟里取了六甲天书，然后向祁山关走去，打败了苟或和庞德。刘备来到葫芦谷。孔明先卸下军师之职，手持六甲天书，待曹操发起火攻时，孔明用六甲天书，向天求雨，扑灭了大火，黔驴技穷的曹操孤注一掷，冲向刘备军，结果不敌身亡。刘备军回到鲁城。接到探报，曹操之子曹丕已率大军出渭水关，誓报父仇。与此同时，北方夷族趁隙进攻汉中，刘备派关兴去守汉中，让关羽的第三个儿子关索顶替关兴的位置。（注意他和关兴的武器不同）。刘备军从葫芦谷南下，直奔渭水关，途中杀了贾诩。在渭水关恢复兵力后（不要忘了在此作记录）（在此地也打听了有关茶的情报）。和曹军的精锐之师在五文原对峙，突然曹军哗变，司马懿杀了曹丕。用落雷计攻击孔明，孔明幸遇黄石公。孔明为了得到黄石公的教诲，从天水取来茶，从高老庄取来名水，
到鲁城取回茶器，向黄石公献上了一壶茶。黄石公教授孔明破落雷计之法（上上下下左右上下）。于是，孔明在三丈原诈死诱敌，破了司马懿的落雪之计。烧得司马懿落荒而逃。刘备军在五丈原休兵整顿，得到了九转丹药。孔明率军前往长安，但走人了司懿设下的石兵八阵，左绕右绕，不能出去，幸遇赤松子（献上九转丹）指点，才走出了石阵，打败了张辽，越过铁门峡要塞，直驱长安码头，再次打败了善使暗计和寂静阵的张辽和陈群。紧接着，刘备军坐船到达洛阳，先到胡班父亲的茅庐里休整，然后南下进攻东岭关，打败了董衡，挺进洛阳，和司马懿展开了最后的决战。逐鹿中原，鹿死谁手，全天下人正拭目以待！
