《蒙娜丽莎》这幅作品世界知名。不仅仅是出于名家之手，更重要因素是围绕这幅画有太多的“秘密”，而且至今没有答案。
人们由此产生了很多疑问，如里面到底藏了什么东西？蒙娜丽莎的第二张脸？蒙娜丽莎到底是谁？自然对作品也产生了争议如：
真伪之谜
某些收藏家声称他们藏有真正的《蒙娜丽莎》，数量达60幅之多。美国缅因州伯特兰美术馆在1984年收到一幅《不微笑的蒙娜丽莎》，经测定，此画确实是当年达·芬奇的手笔，画中的人物除了不微笑以外，其余都酷似蒙娜丽莎本人。
背景之谜
加利福尼亚大学教授卡罗·佩德雷蒂认为，蒙娜丽莎身后的背景是意大利中部阿雷佐市布里阿诺桥附近的景色。佩德雷蒂的证据是，达·芬奇出生在距阿雷佐约100公里的芬奇镇，并曾经在阿雷佐生活过，这一地区的原始景观与《蒙娜丽莎》的背景几乎完全一样。
原型之谜
500多年来历史学家们一直为达·芬奇名画《蒙娜丽莎》的原型争论不休。意大利佛罗伦萨市教师吉乌塞普·帕兰蒂提出，蒙娜丽莎是一位有5个孩子的“家庭主妇”。帕兰蒂对佛罗伦萨市档案进行了长达25年的研究，得出结论：《蒙娜丽莎》原型是达·芬奇父亲一位朋友的妻子丽莎·格拉迪尼，她是一名有5个子女的家庭主妇。据帕兰蒂考证，丽莎在1495年16岁时嫁给佛罗伦萨丝绸商人弗兰西斯科·吉奥康杜，而吉奥康杜则是达·芬奇父亲皮耶罗的好友兼邻居。丽莎是吉奥康杜的第二任妻子。这对夫妻的感情很好，育有5个子女。吉奥康杜在自己的遗嘱中称，丽莎是他“心爱的”和“忠实的”的妻子。帕兰蒂认为，《蒙娜丽莎》的画像完成于丽莎24岁那年。达·芬奇的父亲安排了一切，自己花钱让儿子为朋友的妻子画了这幅画。
蒙娜丽莎的微笑几百年来引发了人们无尽的研究与追寻，有人说蒙娜丽莎是达芬奇的自画像，有人说蒙娜丽莎是魔鬼的画像，有人说蒙娜丽莎是达芬奇的同性恋人如蒙娜丽莎雌雄同体总之，些多多少少有着猜测和过度解读的意味在里面，也正是因为这些所谓的秘密，《蒙娜丽莎》才格外的吸引人。才这样世界出名。
