MUFON（The Mutual UFO Network)：这是目前美国最大民间飞碟研究机构，是在1969年5月31日由Walter H• Andrus Jr 所创立。当年他离开了另一飞碟机构work，以扩大研究会员范围。MUFON被认为是具有草根性的组织，每一州及地区都有代表及调查活动，它与CUFOS同列美国两大主要飞碟研究组织。1975年MUFON总部迁至德州的Seguin继续开展研究工作，MUFON出版有飞碟月刊杂志《MUFON UFO Journal》（此杂志在1976年前称为“Skylook”），主编是Dennis Stacg。
MUFON每年夏天在北美洲地区不同城市轮流举办国际性飞碟研讨会，由世界上顶尖的飞碟学家提出最新研究论文，并出版文集《MUFON UFO Symposium Proceedings》。
MUFON是由包括17位指导者组成的委员会管理。MUFON拥有众多顾问群，包括科学家及其他专业人员。
MUFON成立以来即担任着探讨美国国内UFO目击事件的工作，许多美国政府曾未公开的飞碟研究，也借由MUFON研究人员的努力，逐渐证实并公诸于世。
J•Allen Hynek Center UFO Studies：此一机构原来叫做Center for UFO Studies（CUFOS）。是由海尼克博士在1974年1月1日所创立。海尼克曾担任美国西北大学天文系主任达15年之久，并曾受聘美国空军蓝皮书UFO调查计划的顾问。此UFO资料的科学分析与鉴定工作。
海尼克博士原先并不相信飞碟，后来由他所分析的照片与不明飞行物现象中，发现了许多事实上是无法用科学证明的，因而转变态度认为UFO是一项值得研究的课题，于是乃将原先实验室扩大为UFO研究中心（Center UFO Studies）。1986年4月27日海尼克博士过世之后，他的继承者Mark Rodeghier乃将CUFOS更名为海尼克飞碟研究中心（J•Allen Hynek Center UFO Studies），以纪念海尼克博士对飞碟学的贡献。
此研究机构发行有双月刊的飞碟杂志《IUR》（International UFO Reporter），每年并发行一期《Journal of UFO Studies》，发表研究论文的人都是顶尖的科学研究人员。也因为此一机构的努力，使人们将飞碟纳入科学领域之一。近年来此机构一直从科学角度研究动物及人类被外星人劫持事件，同时对1947年在新墨西哥州的UFO撞毁事件有详细的研究报告。
Aerial Phenomena Research Organization (APRO):空中现象研究组织，成立于1952年1月，是美国最早成立的明间UFO研究组织，当初创立人是J•L•Jim及Coral Loren - Zen夫妇。此组织与CUFOS合作，它认为UFO是来自其他星球，并提倡星际间交流。世界各地都有代表，会员自由加入，近年来活动较少。
National Investigations Committee on Aerial Phenomena(NICAP):成立于1956年，最初是由Townsend Brown 发起，但随即由Donald E•Keyhoe 重组，并担任会长至1969年。此后经多次整编，目前与CUFOS合作，出版有会刊《UFO Investigations 》。
Society for the Investigation of the Unexplained(SITU):成立于1965年7月，发起人为Ivan T•Sanderson,会长为Robert C•Warth。此组织主要是研究自然界中的异常现象，UFO的研究只是其中一小部分。也正因为它的研究范围大，所以吸引了许多对UFO以外神秘现象有兴趣的人。出版物为《Pursuit》（1968年6月创刊），后来改为机构内部刊物。
Fund for UFO Research:此机构除了研究UFO现象外，并以该会基金出版相关刊物。此基金会中有一位Bruce MAccabee 博士专门从事UFO相片分析工作，从1986年开始，他因为分析了美国佛罗里达州Breeze海湾的飞碟遭遇事件而声名大噪。MAccabee博士的专长是物理学，曾是NICAP会员，具有多年分析飞碟相片经验
