在印尼最早关于华人的记载其实是要追溯到元朝时期，当时建立了元朝的元世祖忽必烈要求在马六甲海峡周边的信诃沙里国归降，遭到拒绝后曾在公元1292年派出1000艘战船从福建泉州出发，灭亡了信诃沙里国。但不久之后元军被信诃沙里国诈降的驸马驱逐。
（红溪惨案之后，荷兰人集体屠杀华人的场景）
但荷兰人虽然欢迎华人，却在统治过程中把华人标记为“东方外国人”，和所有其它印尼民族区别对待，而这种政策也为后来印尼的排华政策埋下了伏笔。而随着华人数量的增加，荷兰人又开始担心华人在当地压倒自己的势力，于是从公元1690年开始又出台了限制华人入境的政策，并从公元1727年开始找各种借口将其境内的华人遣返出境，将大量华人发配到斯里兰卡和南非等其它荷兰殖民地。而当地华人不堪忍受荷兰人的欺凌，也曾筹划起义，但因为消息走漏，最终起义被荷兰人镇压，华人遭遇残酷屠杀，此次事件也被称为红溪惨案或者巴达维亚大屠杀。
（华人曾经在印尼建立兰芳共和国）
而到20世纪之后，印尼华人逐渐分成了两派，一派仍然心故国，在抗战时也为支援中国抗战付出了大量努力。但另一派则已经在主张融入印尼社会，将印尼视为祖国了。
排华时期而印尼在独立之后，其实也并没有马上出现排华的现象。但印尼独立之后，华人的国籍成为了一个焦点问题。后来这个问题通过华人自主在中国与印尼之间选择一个国籍得到了解决。但当时与中国关系友好的印尼总统苏加诺却在1966年由印尼军队将领苏哈托发动的军事政变中被推翻，之后苏哈托以反共为名义，对当时支持苏加诺的华人发动了大规模清洗。据估计当时总共被杀害的人数高达50万人，其中有相当比例是华人。
（1998年的印尼排华暴动）
最近20年但此次排华暴动的结果却是苏哈托自己在国内外压力之下宣告辞职，印尼的苏哈托时代宣告结束，排华时代也走向终结。
（印尼首位华人女部长冯慧兰，曾任印尼商务部长）
而这几年最出名的印尼华人政治人物就是前几年曾经当上印尼首都雅加达市长的华人钟万学了。他在2012年作为现任印尼总统佐科·维多多的副手成功当选雅加达副市长。2014年佐科当上印尼总统之后，钟万学接任雅加达市长，并在当年竞选连任成功。
