小说的主角叫段子羽，他是《天龙八部》主角段誉的后代，属于大理国的王子王孙。
段子羽被韦一笑追杀，结果因祸得福，开局就被峨眉派百劫师太打通了“小周天”，奠定了学武的基础。
然后段子羽又结识了天使教教主张正常的女儿张宇真，从而学会了独孤九剑、天雷剑法等武功。
比较搞笑的是，段子羽的仆人欧阳九居然能够跑到终南山活死人墓偷出了《九阴真经》，使得段子羽学会了《九阴真经》。（这段剧情属实离谱，小小的欧阳九居然能到杨过后人偷《九阴真经》，也是绝了。）
段子羽后来又去昆仑洞天，在“张无忌埋经处”取得了秘籍，学会了九阳神功。
由于段子羽既学了九阴真经，又学了九阳神功，这就是小说书名《九阴九阳》的来历。
但段子羽的武学配置不光如此，他奇遇连连，身上的武功真是多到离谱。
比如，段子羽从百劫师太那里学会了弹指神功、兰花拂穴手，从天龙寺高僧那里学会了一阳指、六脉神剑，从虚舟掌门处学得七伤拳，从华山二老处学会两仪刀法和反两仪刀法，从丐帮史青处学得强大的降龙十八掌。
总而言之，段子羽一个人学了几十种武功！基本上金庸“神雕三部曲”原著里面厉害一点的武功，段子羽全都学会了！
神功秘籍如此轻易取得，强势占据原著主角的机缘，《九阴九阳》可以说开了后世“金庸同人文”的先河，领先了众多网络小说十几年。
后来许多同人文和网络小说，都是从《九阴九阳》这本小说获得的灵感，只不过在剧情上更加爽快，更加幻想罢了。
段子羽既然学了这么多武功，理所当然神功无敌，基本上没有对手了。
让读者意外的是，段子羽神功无敌之后，却拿明教和张无忌开刀，发誓要铲除明教和张无忌。
在金庸《倚天屠龙记》原著中比较无敌的张无忌，根本没法和段子羽抗衡，成了“土鸡瓦狗”，只能被段子羽吊打，只能是丢人现眼了。
除了武功方面的奇遇，段子羽在感情上也是奇遇连连。
段子羽不像张无忌那样优柔寡断，更不像张无忌那样“有贼心没贼胆”。
段子羽非常果断直接，把天师教教主之女张宇真、丐帮帮主之女史青、明教教主杨逍的弟子司徒明月三个绝色美女通通拿下！
段子羽又学神功，又碰上美女，还吊打了原著优柔寡断的主角张无忌！
可以说，《九阴九阳》满足了读者的极大幻想，从某种程度而言，这就是实体书形式的“网络小说”。
