宣统年间，清廷在全国设有九位总督：东三省总督、直隶总督、两江总督、两广总督、闽浙总督、湖广总督、陕甘总督、四川总督和云贵总督，以直隶总督为尊，东三省次之，两江总督再次之，其余总督地位相当。
东三省总督宣统元年（1909年）1月1日—2月8日，东三省总督是为徐世昌。徐世昌是东三省设总督后的第一任总督，也是东三省能置总督的首功之臣。光绪三十一年（1906年），鉴于日本、沙俄对东三省这清廷龙兴之地的虎视眈眈，徐世昌向清廷提出了《通筹东三省全局折》，认为要想阻止日俄两国对东三省的蚕食，就必须要确立总督一人负责制，将东三省的所有资源全部聚拢在一起，“以一人之力总集群策，复以全国之力倾助车隅之地”。
同年，光绪和慈禧同意其所请，下诏正式在东三省建立总督区，并任命徐世昌为东三省第一任总督。徐世昌到任后，仅用二年的时间，就让东三省焕然一新。清廷宗室载涛“自欧考陆军归国，经奉天见马路、电灯、军警无不备具，街市焕然一新，乃宿公署，俨然欧式，益服世昌新政经画，非它省疆吏所及。还朝即力荐其值枢府焉”，世人称东北三省新政为“徐世昌新政”。
宣统元年（1909年）2月8日—宣统三年（1911年）4月20日，云贵总督锡良代替徐世昌为东三省总督。1909年，徐世昌治东三省有功，在宗室载涛的力荐下于2月被调往中枢，8月任协办大学士，补授军机大臣。在徐世昌升任中枢后，在云贵总督任上颇有建树的锡良调任东三省总督。锡良就任东三省总督后，肃吏治，整军备，理财政，清盐务，东三省由此逐步走向繁荣。东三省任上，锡良最突出的贡献就是阻止发生在中俄边境的鼠疫向东三省蔓延，继而让东三省的百姓免遭一劫。
宣统元年（1909年）十月—宣统三年（1911年）十二月，湖广总督陈夔龙就任直隶总督。陈夔龙是一个十足的顽固派，对清廷可谓是死忠，武昌起义时，曾力主袁世凯出兵剿灭革命党人，之后清亡后，也曾参加过张勋复辟的闹剧。
宣统三年（1911年）十二月—民国元年（1912年）2月12日，湖南提法使张镇芳署理直隶总督。宣统三年（1911年）十二月，陈夔龙告假辞官，张镇芳在袁世凯的支持下署理直隶总督，仅十天，清亡。
两江总督宣统元年（1909年）6月28日—宣统元年（1909年）6月28日，江宁布政使樊增祥护理两江总督，仅一天。
宣统元年（1909年）6月28日—民国元年（1912年）1月23日，两广总督张人骏调任两江总督。张人骏虽也是清朝的死忠份子，但是他敢于大义凛然，与外强不懈抗争，维护国家主权，这却不失为是爱国官员。1909年四月，张人骏顶着巨大压力派水师提督李准、副将吴敬荣、刘义宽等170余人，分乘“伏波”、“琛航”等军舰前往西沙群岛，查明岛屿15座，命名勒石，并在永兴岛升旗鸣炮，公告中外，重申南海诸岛为中国神圣领土。
闽浙总督宣统元年（1909年）—宣统三年（1911年）11月8日，闽浙总督是为松寿。松寿是清朝九位末代总督中唯一战死的，抛开民族成见，他绝对是一位忠臣。武昌起义爆发后，福建革命党人彭寿松争取到福建新军协统许崇智等人，于1911年11月12日发动起义。1911年11月8日，革命党人劝告松寿交出政权，但松寿誓死不降。受此刺激，革命党当天晚上便发动起义，双方激战了一个晚上，最终松寿战败，松寿见大势已去，遂吞金自杀 。
湖广总督宣统元年（1909年）1月—10月，湖广总督是陈夔龙。
宣统元年（1909年）10月—宣统三年（1911年）10月，两江总督瑞澄署理湖广总督。武昌起义爆发时，瑞澄弃城而逃，先逃至上海，不久闻听清朝政府欲治其罪，遂再逃日本。瑞澄逃跑后，湖广宣布脱离清廷。
陕甘总督宣统元年（1909年），陕甘总督是升允。升允是为清廷死忠份子，武昌起义爆发后，曾率甘军东进，连下十余城，逼近被革命军占据的西安，是差点替宣统收回一大片失地。但是在1912年2月，因清帝溥仪宣布退位，甘军得知消息后，遂拒不与革命军作战，升允无奈西退。
云贵总督宣统元年（1909年），云贵总督是为锡良。督云贵期间，锡良整顿吏治、兴办学校、整顿军备、修筑铁路、禁止鸦片，使云贵地区的整体环境是大为改观。
宣统元年（1909年）2月—宣统三年（1911年），广西巡抚李经羲任云贵总督。督云贵期间，李经羲创办了云南讲武堂，培养了一大批最后推翻清朝统治的民国将领，如蔡锷等。辛亥革命时，李经羲被蔡锷礼送出境。
